MultiQC安装运行

最新推荐文章于 2024-08-09 07:18:58 发布
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文章标签： python 深度学习 开发语言
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本文链接：https://blog.csdn.net/lion_18/article/details/127476118
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本文介绍了如何通过conda安装Python环境，接着安装并运行MultiQC软件。首先从share文件夹获取fastq文件，解压后使用FastQC进行质量测控。最终，MultiQC生成的multiqc_report.html文件在浏览器中打开，展示所有样本的质量整合报告。
摘要由CSDN通过智能技术生成

安装conda，安装python2环境

 conda create --name python2 python=2.7 -c https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ -y

 

 如图所示成功

之后启动python环境

(base) [root@iZbp193c4qj49zjq22krygZ ~]# conda activate python2
(python2) [root@iZbp193c4qj49zjq22krygZ ~]#

下载multiqc软件

conda install multiqc -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

下载的时候我们先去老师的share文件夹里面拷贝一些fastq文件

解压

 gunzip Akle_TTAGGC_L004_R1_001.fastq.gz 
 gunzip Akle_TTAGGC_L004_R2_001.fastq.gz

使用fastqc对文件进行质量测控

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您遇到的问题是在终端中输入了命令后，系统提示"multiqc: command not found"。这通常意味着您尝试运行的`multiqc`命令在您的系统环境变量中没有被识别。可能的原因包括`multiqc`没有安装，或者安装的位置不在环境变量`PATH`中。为了使用`multiqc`，您需要确保已经正确安装了它，并且其可执行文件的路径需要被添加到`PATH`环境变量中。 解决这个问题的步骤大致如下： 1. 确认`multiqc`是否已经安装在您的系统中。如果尚未安装，您需要先安装它。`multiqc`是一个用于汇总生物信息学分析结果的工具，可以通过Python的包管理工具`pip`来安装。在终端中执行以下命令尝试安装`multiqc`： ``` pip install multiqc ``` 2. 安装完成后，您需要检查`multiqc`的安装位置。在Unix-like系统中，Python安装的可执行文件通常位于如下路径之一： ``` /usr/local/bin/multiqc /usr/bin/multiqc ``` 您可以通过以下命令查看`multiqc`的确切位置： ``` which multiqc ``` 或者 ``` type multiqc ``` 3. 如果`which`或`type`命令返回了`multiqc`的安装路径，那么您需要将该路径添加到环境变量`PATH`中。可以通过编辑您的shell配置文件（如`.bashrc`或`.bash_profile`），在文件中添加以下行： ``` export PATH=$PATH:/path/to/multiqc ``` 替换`/path/to/multi古镇`为实际的`multiqc`路径。之后，您需要重新加载配置文件或重新打开终端窗口，这样改动才能生效。 4. 重新尝试运行命令，如果`PATH`设置正确，这次应该不会再出现"command not found"的错误。
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