MultiQC安装运行

最新推荐文章于 2024-11-13 11:25:29 发布
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文章标签： python 深度学习 开发语言
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本文介绍了如何通过conda安装Python环境，接着安装并运行MultiQC软件。首先从share文件夹获取fastq文件，解压后使用FastQC进行质量测控。最终，MultiQC生成的multiqc_report.html文件在浏览器中打开，展示所有样本的质量整合报告。

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安装conda，安装python2环境

 conda create --name python2 python=2.7 -c https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ -y

 

 如图所示成功

之后启动python环境

(base) [root@iZbp193c4qj49zjq22krygZ ~]# conda activate python2
(python2) [root@iZbp193c4qj49zjq22krygZ ~]#

下载multiqc软件

conda install multiqc -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

下载的时候我们先去老师的share文件夹里面拷贝一些fastq文件

解压

 gunzip Akle_TTAGGC_L004_R1_001.fastq.gz 
 gunzip Akle_TTAGGC_L004_R2_001.fastq.gz

使用fastqc对文件进行质量测控

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2020.11.18丨Multiqc使用对多样本数据进行统计
11-18 1136
平时做一些项目，在样品不多的情况下，使用fastqc，可以对每个样品单独生成质控报告。然而，当遇到群体遗传相关的项目、样本数量比较多的时候，则需要统计所有样品生成汇总表，方便观察各样品质控结果。因此我们选择使用Multiqc来对结果进行汇总。 使用软件：Multiqc 安装说明： 官方下载：Release MultiQC Version 1.9 · ewels/MultiQC · GitHub code： gunzip MultiQC-1.9.tar.gz tar -vzf Multi
NGS数据分析实践：05. 测序数据的基本质控 [2] - MultiQC
hucy_Bioinfo
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10-14 762
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Linux（Ubuntu）上FastQC与MultiQC的安装与使用
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10-21 6453
是一个在生物信息学领域广泛使用的工具，用于对高通量测序数据进行质量控制。这是一个Java应用程序，需要一个Java运行环境（FastQC的结果只针对一个测序文件，如果想将多个测序文件的结果整合一块来看，可以尝试用MultiQC软件是一种基于Python的工具，用于整合和查看多种类型高通量测序数据的质量控制结果。
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MultiQC 开源项目教程 MultiQCAggregate results from bioinformatics analyses across many samples into a single report.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mu/MultiQC 项目介绍 MultiQC 是一个用于将多个生物信息学分析结果汇总到一个报告中的工具。...
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title: “MultiQC” author: “lld” date: “2018/11/26” output: html_document 一、MultiQC介绍 NGS技术的进步导致大量的测序数据产生，也为新的分析类型和实验设计打开了大门。当我们不断扩大样本数量的同时也使得研究越来越容易受到批量处理效应的影响（可以采用DESeq2移除批次效应）。这就需要后续仔细的质量控制分析，大多数生信工...
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