【知识图谱构建】Updates in Rhea – an manually curated resource of biochemical reactions 2015（论文笔记）

最新推荐文章于 2024-11-04 20:21:57 发布
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分类专栏： 论文笔记 文章标签： 知识图谱 论文阅读 人工智能
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Rhea是一个手动策划的生化反应资源，专注于酶催化的化学计量平衡反应。随着更新，Rhea现在包含了大分子和聚合物的反应，通过引入通用化合物和聚合物的概念。Rhea内容不断增长，被多个生物数据资源引用，提供编程访问和下载，并有望扩展其在UniProtKB中的酶功能注释应用。
摘要由CSDN通过智能技术生成

文章概述

  • 关键词：
  • 简介：Rhea (http://www.ebi.ac.uk/rhea) 是使用小分子 ChEBI（生物兴趣化学实体）本体中的物种描述的专家策划的生化反应的综合和非冗余资源。Rhea 专为酶的功能注释和基因组规模代谢网络的描述而设计，提供化学计量平衡的酶催化反应（涵盖 IUBMB 酶命名列表和其他反应）、运输反应和自发发生的反应。Rhea反应广泛策划了与源文献的链接，并通过手动管理和计算方法映射到其他公开可用的酶和途径数据库，如Reactome、BioCyc、KEGG和UniPathway。
  • 内容：
    • 反应数量的增长，包含了涉及大分子的反应，如位于ChEBI范围之外的蛋白质、核酸和其他聚合物

文章内容

Rhea的目标和应用范围

  • 目标
    • Rhea 提供了化学计量平衡的描述，用于使用来自生物兴趣化学实体 (ChEBI) 本体 的化学物质的酶催化反应、运输反应和自发发生的反应，指定反应成分、它们的化学计量系数和相对位置。这些信息是由专家同行评审的文献手动策划的。每个 Rhea 反应都被分配了一个唯一的标识符，通过计算每个考虑组成化合物、它们的化学计量和定位的反应的指纹来确保唯一性。反应成分由 pH 7.3 的主要微物种表示（使用来自 ChemAxon 的 Marvin pKa 计算器进行验证（版本 6.2.0，http://www.chemaxon.com））。所有反应在质量和电荷上都化学计量平衡，这有助于使用Rhea构建、分析、比较和协调基因组尺度代谢模型。
    • Rhea 为许多其他生物数据和知识资源提供代谢反应，包括 EBI 酶门户、M
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liqq234
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【知识图谱构建】Updates in Rhea – an expert curated resource of biochemical reactions 2017（论文笔记）
liqq234的博客
08-16 153
为此，我们继续通过专家管理新反应来增加 Rhea 的覆盖范围，包括 IUBMB 的代表性反应和同行评审文献中描述的额外反应。更直接的发展集中在 Rhea 数据的新 RDF 表示上。这将在 VitalIT 基础设施 (https://www.viti-it.ch/) 托管的专用 SPARQL 端点上提供，该端点目前维护了许多 SPARQL 端点，例如 http://sparql.uniprot.org/ 和 http://snorql.nextprot.org。
cli-rhea:QE提供的rhea客户用于测试
05-24
Rhea测试客户端是基于 amqp库构建的javascript客户端。 安装 cli-rhea需要运行 v4 +。 如果要将客户端用作cmd程序，请安装到全局环境。 npm install cli-rhea -g 对于使用安装到本地环境的标准。 npm install ...
【知识图谱构建】Updates in Rhea – an expert curated resource of biochemical reactions 2022 （论文笔记）
liqq234的博客
08-16 232
Rhea 和 UniProt 策展人现在密切相关，Rhea 编辑团队根据 UniProt 策展人的请求来管理新的反应，然后他们将这些反应与 UniProtKB/Swiss-Prot 中审查的蛋白质序列条目中的酶和转运蛋白序列联系起来。Rhea网站、API和SPARQL端点提供了一个强大的工具箱，可以为广泛的应用程序挖掘Rhea反应数据集，而UniProt网站、API和SPARQL端点允许用户利用使用Rhea创建的快速增长的酶和转运蛋白注释集。
【知识图谱构建】Rhea—a manually curated resource of biochemical reactions (论文笔记)
liqq234的博客
08-15 288
Rhea 生物反应数据库使用了CHEBI描述化学反应中的实体，并且在质量和电荷方面是保持计量化学平衡的。这些反应被手动链接到目标文章和其他公开的包含酶和路径数据库的代谢资源中。
【知识图谱构建】Updates in Rhea: SPARQLing biochemical reaction data 2019 （论文笔记）
liqq234的博客
08-16 167
pdf 并邀请感兴趣的读者查阅那里的文档。Rhea SPARQL 端点使用 Virtuoso 软件 (https://virtuoso.openlinksw.com/)，并托管在 SIB 瑞士生物信息学研究所高性能计算 (https://www.viti-it.ch/) 的 Vital-IT 中心。Rhea RDF 数据也可用于在 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/rhea/rdf/ 序列化为 RDF/XML。
论文笔记Opportunities and challenges in the use of personal health data for health research
weixin_44305824的博客
01-22 1030
Opportunities and challenges in the use of personal health data for health research 论文笔记 这是数据伦理课上老师推荐给我们的论文，以下是我阅读过程中的一些笔记，希望能帮助大家理解文章。 将个人健康数据用于健康研究的的机遇和挑战 目标:从三个利益相关者群体的角度了解在研究中使用个人健康数据的障碍:跟踪其健康数据的早期采用者个人、可能将个人健康数据作为其研究一部分的研究人员，以及销售自我跟踪设备、应用程序或服务并汇总和
启发式搜索与演化算法课程实验, 用RHEA算法玩游戏
毕业作品网站
08-26 118
sampleRHEA。
IT中的闰秒问题(r5笔记第85天)
杨建荣的学习笔记
07-01 187
虽然闰秒的考验已经结束了，不少IT人都为这一秒付出了很大的代价。我也是在周末知道闰秒的说法，自己听到时也是一知半解，原本以为是个很新鲜的名词，看着微信朋友圈和微信群里大家...
COT 专栏中文翻译（六）
龙哥盟
10-31 766
来源：every.to/chain-of-thoughtyml分类：COT 专栏日期：2024-05-08 11:05:05。
探索未来机器人领域：Rhea轮式双足机器人开源项目深度剖析
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06-23 1001
探索未来机器人领域：Rhea轮式双足机器人开源项目深度剖析 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/rh/rhea_description 项目介绍 在机器人技术的浩瀚星辰中，一款名为Rhea轮式双足机器人的项目正缓缓升起，以其独特的设计和开源精神，为科研人员与机器人爱好者提供了一个全新的探索平台。 Rhea项目以URDF（Unified Robot Descrip...
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rhea:基于AMQP协议的React式消息传递库
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mohen_777的博客
11-02 1036
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3DGS的连续建图存在“遗忘”问题，即高斯参数倾向于过拟合最新帧，导致前一帧的重建质量下降。
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小嗷犬的博客
11-03 786
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【故障诊断论文阅读随记】
qq_41915671的博客
10-31 581
当前的故障诊断方法使用单一模型和相同的特征输入来训练和检测所有故障，导致忽略了故障之间的相关性和差异性，并且故障诊断性能较差。数据驱动的方法往往忽略了系统内的内在物理相关性，并且缺少为故障诊断提供可信解释的可靠机制。增量学习（new data and fault types）故障探测和分类集成框架体系。现有的故障诊断方法存在无法评估故障幅度或效率低下的缺点（偏故障溯源）开发集成探测、分类和开集故障诊断体系 （多任务学习）多源域域自适应的类别不平衡问题。多源耦合故障的诊断问题。
临床论文投稿指南：撰写步骤详解
在《Writing for Clinical J_美赛写作.pdf》这份资料中，作者Rhea-Beth Markowitz博士，作为科学编辑支持的专家，提供了详尽的指导，帮助读者了解如何准备并提交一篇生物医学（临床）期刊的论文。该手册主要针对医学...
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