【知识图谱构建】Updates in Rhea – an manually curated resource of biochemical reactions 2015（论文笔记）

文章概述

• 关键词：
• 简介：Rhea (http://www.ebi.ac.uk/rhea) 是使用小分子 ChEBI（生物兴趣化学实体）本体中的物种描述的专家策划的生化反应的综合和非冗余资源。Rhea 专为酶的功能注释和基因组规模代谢网络的描述而设计，提供化学计量平衡的酶催化反应（涵盖 IUBMB 酶命名列表和其他反应）、运输反应和自发发生的反应。Rhea反应广泛策划了与源文献的链接，并通过手动管理和计算方法映射到其他公开可用的酶和途径数据库，如Reactome、BioCyc、KEGG和UniPathway。
• 内容：
  • 反应数量的增长，包含了涉及大分子的反应，如位于ChEBI范围之外的蛋白质、核酸和其他聚合物

文章内容

Rhea的目标和应用范围

• 目标
  • Rhea 提供了化学计量平衡的描述，用于使用来自生物兴趣化学实体 (ChEBI) 本体 的化学物质的酶催化反应、运输反应和自发发生的反应，指定反应成分、它们的化学计量系数和相对位置。这些信息是由专家同行评审的文献手动策划的。每个 Rhea 反应都被分配了一个唯一的标识符，通过计算每个考虑组成化合物、它们的化学计量和定位的反应的指纹来确保唯一性。反应成分由 pH 7.3 的主要微物种表示（使用来自 ChemAxon 的 Marvin pKa 计算器进行验证（版本 6.2.0，http://www.chemaxon.com））。所有反应在质量和电荷上都化学计量平衡，这有助于使用Rhea构建、分析、比较和协调基因组尺度代谢模型。
  • Rhea 为许多其他生物数据和知识资源提供代谢反应，包括 EBI 酶门户、M