【知识图谱构建】Updates in Rhea – an expert curated resource of biochemical reactions 2017（论文笔记）

文章概述

• 关键词：反应数据库、代谢网络、酶的功能性标注
• 简介：Rhea是一个由专家组织的为酶的功能性标注和代谢网络描述的无冗余的反应数据库，它包含了覆盖了IUBMB酶命名列表相关的酶催化反应以及附加的反应，也包括了同时发生的反应。
• 内容：
  • 这一版的Rhea建立了简单的反应类型层级关系
  • 进一步提高了对于IUBMB酶命名列表和通过专家组织的额外的反应的覆盖度
  • 以及为了更好地提升数据服务而提供了新的web服务

文章内容

当前Rhea的发展进程

Rhea反应分类

• EC 使用恰好四个级别的层次结构根据单个代表性反应对酶活性进行分类（以下称为 IUBMB 的“代表性反应”）。Rhea（与其他反应数据库类似）旨在提供对 IUBMB 的所有代表性反应的完整覆盖以及文献中描述的其他附加反应（这些是否与 EC 数字相关）。
• 为了使用 Rhea 改进酶功能的注释和分类，我们最近引入了一个简单的分层反应分类，涵盖了 IUBMB 的代表性反应以及这些额外的反应。这种反应分类使用“is a”关系将“子”反应与其（更通用的）“父”反应联系起来，并允许任意数量的级别，以促进以对生物学家有意义的方式对现存和祖先酶功能进行分类。这可能包括引入位于 EC 现有级别和将当前“压缩”到 EC 的第四级别的相关反应的更细粒度的分类。
• Rhea 反应分类于 2016 年 7 月推出。当前版本（2016 年 7 月 30 日发布 75 日）特征超