简并碱基 序列展开

参考:

https://github.com/phac-nml/biohansel/issues/60

找了 python包,软件 都没有简易实现方法。

这个链接里的方法最简单:

from itertools import product

d = {
'A': ['A'],
'C': ['C'],
'G': ['G'],
'T': ['T'],
'R': ['A', 'G'],
'Y': ['C', 'T'],
'S': ['G', 'C'],
'W': ['A', 'T'],
'K': ['G', 'T'],
'M': ['A', 'C'],
'B': ['C', 'G', 'T'],
'D': ['A', 'G', 'T'],
'H': ['A', 'C', 'T'],
'V': ['A', 'C', 'G'],
'N': ['A', 'C', 'G', 'T'],}

def expand_degenerate_bases(seq):
   """return a list of all possible k-mers given a degenerate base"""

   return list(map("".join, product(*map(d.get, seq))))

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