TIP-1构建参考基因组

创建一个文件叫lsf1（名字随便）

module load Bowtie2/2.4.1
module load picard/2.23.9
module load SAMtools/1.9

#! 使用bowtie构建参考基因组索引
#!bsub -q q2680v2 -m sg17 -n 10 -e test.err -o test.out "
#!    bowtie2-build -f Ghirsutum_genome.fasta  --threads 20 Gh_bowtie_index
#!"

#* 重测序数据路径
rawBase=/cotton/XinyuanChen/NewPhytol/251AccessionsDNAseqData/
#* 重测序编号文件
sampleList=/cotton/Liuzhenping/Pan-genome/Genotype/sampleID_250.txt
#! 将重测序数据Mapping到参考基因组, 并去除PCR重复
bowtieIndex='/public/home/zpliu/TIP/TE_annotion/Ghirsutum.chr.bowtie'
sampleName='ZY446'
fastq1=$rawBase/${sampleName}_1.fq.gz
fastq2=$rawBase/${sampleName}_2.fq.gz
threads=4
bowtie2 --mp 13 --rdg 8,5 --rfg 8,5 --very-sensitive -x ${bowtieIndex} -1 ${fastq1} -2 ${fastq2} -p ${threads} \
        |samtools view -bhS -o ${sampleName}.bam
#* 对输出后BAM进行排序
java -jar $EBROOTPICARD/picard.jar SortSam I=${sampleName}.bam O=${sampleName}_sorted.bam SORT_ORDER=coordinate
#! 对输出后的文件进行PCR去重
java -jar $EBROOTPICARD/picard.jar MarkDuplicates I=${sampleName}_sorted.bam O=${sampleName}_sorted_dedup.bam M=${sampleName}_dedup.metrics REMOVE_DUPLICATES=true
#rm ${sampleName}.bam -rf

复制粘贴就行，”使用bowtie构建参考基因组索引“这一步不用，不同数据改变sampleName就行，创建完后给文件赋予权限。

chmod 4755 lsf1

然后就可以用bsub提交了，提交文件的位置和任务的名字根据事实情况要发生改变，pwd可以知道你当前所处的位置

bsub -J ZY446 -n 4 -e %J.err -o %J.out -q q2680v2 /public/home/jingli/lsf1

然后可以bjobs来看看你任务的执行情况