对solid平台所测数据进行转化

solid平台测序在目前已经不常见了，但是，很不幸的是我第一次下载Reads就遇上了。所以，在网上搜集了很多资料，在此整理了一下。
首先，solid测序结果他是color space 编码，不是普通的ATCG四个碱基编码，所以在格式上就不相同。

它是四行为一条read，从@行开始到!行结束，第一行代表编号，第二行代表序列，第三行代表附加信息，第四行代表质量报告。
其次，color space不允许转为base space数据！
最后，在将sra格式文件转为fastq格式时，是使用abi-dump解压，而且也是只能转为csfastq格式，但是，此格式也是可以适应很多软件，fastqc,cutadap，SHRiMP，sequel和BFAST ，bowtie等等。
如果，非要转化呢？这里也提供了一种方法：
使用一个perl脚本将其转化，具体做法请查看：
https://davetang.org/muse/2012/07/04/from-sra-to-fastq-for-solid-data/
http://www.bio-info-trainee.com/1850.html
同时这里还有一个网址，清楚的讲述了color space编码（大家感兴趣可以去看看）：
http://seqanswers.com/forums/showpost.php?p=59156&postcount=4

但是，我觉得最好是不转化，因为它也是可以使用BFAST和bowtie比对软件，比对之后得到的sam文件或bam文件应该与illumina测序的通过BWA得到的sam文件一样的。当然这个还有待于进一步尝试！