使用sratoolkit转换SRA文件格式

最新推荐文章于 2024-10-10 07:35:52 发布
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1.单端：

fastq-dump --fasta SRR6470965.sra    结果生成 ：SRR6470965.fasta

fastq-dump  SRR6470965.sra     结果生成 ：SRR6470965.fastq

2.双端：

fastq-dump --split-3  DRR002018.sra     结果生成   DRR002018_1.fastq；DRR002018_2.fastq

飘羽
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文献RNA-seq复现第2期——sra数据转换、参考基因组及注释信息的准备
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window 下载 SRA Toolkit 安装使用以及格式转化
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此处的绝对路径可在进入fastq目录后用pwd显示出绝对路径，然后用fqdir=绝对路径。#-O 输出文件名，前面设置了｛fqdir｝，因此生成的文件会被直接放入fastq中。#此处我不能直接调用fastq-dump，因此需要在前面加入绝对路径。在下了sratoolkit 软件后，我们首先创建一个fastq目录。#--gzip是将输出fastq文件变为gz格式，方便节省空间。#--split-3 是把文件分成两个文件输出。
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pfastq-dump支持多线程拆分，相比于NCBI 工具fastq-dump效率大幅提升。
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STAR (Sequence Tagged Antibody Receptor) toolkit是一个专门用于转录组分析的工具包，主要用于将高通量测序产生的FASTQ文件转化为基因表达数据。它主要针对RNA-seq实验，通过匹配样本序列到参考基因组上，识别出...
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铭&婵旭博客
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记录下自己在安装sratoolkit和转换文件的摸索步骤 转换文件需要使用sratoolkit软件，所以首先要下载，先说下下载、解压、安装这个软件。我事先在我的Linux目录下新建一个文件夹software用来存放下载的软件，新建文件夹命令：mkdir software，然后就在这个文件夹下载软件了。 1. 在Linux下直接用wget来下载，输入如下命令： wget http://ftp...
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背景 最近参加“生信技能树”组织的实习，要求完成从*.sra原始数据出发完成人类单细胞转录组数据下载、质控过滤、Hisat2比对、featureCounts定量的任务。接下来一段时间会出一个小系列。几年前在学校的生信课上分析了一个完整的Chip-Seq流程，当时对很多概念一知半解，这次借着这个机会再回头打打基础。 数据下载 环境准备 首先安装一个conda虚拟环境并更换镜像（下载国外资源更方便），见文末参考链接 # 下面四行配置北京外国语大学的conda的镜像# 配置完需要重启终端c
如何用fastq-dump把sra转成fastq
小猪打呼噜
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sra是NCBI 推出的存储高通量数据的格式，下载后我们需要把sra 转成fastq，然后进行生信分析。下面分别讲一下下载和使用： 下载 下载地址：http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software 选择适合自己的下载版本，下载后解压（解压命令：tar zxvf *.tar.gz）即可使用，转换软件（fastq-dump）位于bin文件夹下 ..
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