从NCBI批量获得关注物种的所有基因组信息，环境分布等

从NCBI获得关注物种基因组信息，环境分布等

方法1：

安装NCBI 数据下载软件：

 esearch -db biosample -query "Proteobacteria"|efetch  >Proteobacteria.biosample_result.txt

方法2：

step1：获得关注物种的所有组装（Assembly）基因组

step2：选择展示每个assembly的Biosampe，然后下载表格，得到文件《ncbi_dataset.tsv》

step3：提取ncbi_dataset.tsv的Biosample列，删除列名，去重复后保存为《Biosample.ID.txt》

step4，NCBI Batch Entrez网页提交Biosample.ID.txt

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez

跳转：

step5，下载相关详细信息

step6. 结果展示

综上：通过NCBI查找关注物种，获得其所有组装基因组来自的生物样品ID（biosample），在bacth entrez网页上传ID list之后，可下载所有相关数据的全部meta data。由此，可以获得关注物种的基因组列表，基因组来自的项目，菌株生存温度，生长条件，样品分离来源，以及其他来源