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RSS订阅原创 chip-seq识别增强子，超级增强子
上面没有要求的列，内容可以为空或者原来的内容，但是一定要有这列，如果第2列和第9列的内容不同，ROSE将使用第2列的值。（2）安装后，准备文件：peaks的gff文件，这个peak是MACS3 call peak 之后生成的peaks文件。1. 首先下载SRR数据（这里举一个例子，其他的类似）（1）第一步先安装rose（可以参考下面的链接）将生成的bw文件（标准化后的导入）导入IGV。第7列：正负链信息（+, -, .）第2列：每个增强子区域的特定id。第9列：每个增强子区域的特定id。
2024-07-14 18:10:00
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原创 pycharm远程连接服务器conda executable找不到问题
找见对应的anaconda的安装位置（或者mambaforge一样的），点击condabin-->conda。再点右边的load environments就可以加载创建好的环境了。
2024-07-02 19:31:18
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原创 IGV可视化（导入自己的参考基因组和注释文件）
值得注意的是导入自己的参考基因组并不能根据基因名去定位，所以需要导出基因所在的位置，根据位置去查询。点击File-->load from file加载.sorted.gtf。这里我加载的依然是hg19,只是示范流程，换成自己的参考基因组就行。此时看上去什么都没有，但是这时候选择一条具体的染色体就会出现东西。这步是创建索引，点Go创建索引，会多一个以idx结尾的文件。会多生成一个hg19.fa.fai文件。会多生成一个.sorted.gtf文件。注意查找基因的时候，后面冒号是英文。加载sorted.gtf。
2024-06-29 16:05:11
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原创 处理RNA-Seq从fastq到表达矩阵
先解压gunzip SRR13755394.fastq.gz（其他类似）4. 索引参考基因组（选用STAR）......其他的类似自行下载。5. 创建map.sh比对。6. 计数count.sh。7. 合并merge.sh。1. 先下载SRR数据。2. 数据过滤及质控。3. 准备参考基因组。
2024-06-27 15:18:36
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原创 超详细gpu版HICCUP安装与配置/Jcuda安装与配置
链接：https://pan.baidu.com/s/1teK40Tk2CHLU4NIZ4HP4tA。2. 第二步安装java。1. 第一步首先安装cuda，这里安装cuda10.1版本。按空格取消Driver安装，往下选择Install安装。JCuda-All-10.1.0.zip上传到服务器中。3. 第三步下载对应的jcuda10.1版本。可以看到有一个进程在使用gpu。4. 安装juicer。下载好上传到服务器中。
2024-06-21 10:04:42
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原创 安装HiCexplorer
这里我下载的Mambaforge-23.3.1-1-Linux-x86_64.sh。3.新建环境安装hicexplorer。2. 下载对应版本的mamba。1.先查看conda版本。
2024-05-21 16:12:46
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原创 PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels解决办法
亲测有效，适用于本人。然后就可以继续安装了。
2024-05-20 18:31:02
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原创 超超超完整hicpro安装和使用教程
上一篇博文记录了hicpro在服务器的安装教程，各种依赖都是手动安装，这篇换了一种方法实现，原理都是一样的。3. 进入HiC-Pro-3.1.0配置config-install.txt。11. 配置config-hicpro文件，复制到hictest项目文件夹下。1. 下载并解压安装包（/student2/software）12. conda 安装 aspera（用于快速下载数据）此时多了一个config-system.txt。7. 配置环境变量（退出虚拟环境）如有问题欢迎批评指正！8. 下载参考基因组。
2023-12-13 17:44:40
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原创 安装vitables,回车却没反应问题解决
经过了解，vitables可以可视化hdf5文件，也就是.h后缀文件。问题：安装好命令行里输入vitables回车没反应。查看版本发现vitables是3.0.3版本。将vitables换为3.0.2版本成功解决。如有错误，欢迎批评指正。
2023-11-20 09:22:37
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空空如也
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