HiC-Pro详细安装教程

最近在服务器上安装hic-pro，借鉴了网上很多教程，遇到了很多问题，在此记录一下。

完整安装教程

前提：安装好python，anaconda

1. 创建一个虚拟环境并激活，并指定python版本

conda create -n hicpro python=3.7.11
conda activate hicpro

2. 安装python所依赖的包

pip install argparse iced numpy scipy pandas pysam bx-python

其版本如下，比这些版本高也可用

包名	版本
argparse	1.4.0
iced	0.5.10
numpy	1.21.6
scipy	1.7.3
pandas	1.3.5
pysam	0.22.0
bx-python	0.10.0

3. 安装R包

conda install r-ggplot2=3.0.0

4. 安装samtools和bowtie2

conda install samtools=1.12 bowtie2=2.3.5.1

5. 安装g++

我参考的这篇文章是这么实现的，但是我没有安装成功

conda install g++

我的安装方式：

conda install -c omgarcia gcc-6

6. 接下来安装软件

wget -c https://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/refs/tags/v3.1.0.tar.gz
tar -zxvf v3.1.0.tar.gz
cd HiC-Pro-3.1.0
make configure
make install

在这个过程中，当执行make configure后，会显示：

显示软件的安装路径默认是/usr/local/bin，但是由于我没有服务器的管理员权限，所以需要更改默认安装路径，具体操作如下：

cd HiC-Pro-3.1.0
vi config-install.txt

修改 

PREFIX = 自己想要安装的绝对路径
# 例如：
PREFIX = /student2/software/hicpro

然后执行make install就安装到你指定的路径下了

参考链接：

[1] HiC-Pro的安装 - 简书

[2] Hic-Pro安装 - 知乎 (zhihu.com)

有问题欢迎批评指正！