VS Code蛋白质插件

简介

【Protein Viewer】是一款VS Code插件，支持在线和本地查看蛋白质结构。支持多种文件格式，包括：.pdb, .pdbqt, .mmcif, .gro, .xyz, .cif, .mol, .mol2, .sdf等。

下载安装后，通过快捷键【Ctrl+Shift+P】，输入命令【start protein Viewer】，按两次回车，即可打开Protein Viewer界面。

可见，其左侧有四个选项卡，【Home】选项卡提供了多种载入文件的方式，例如，其【Download Structure】给出的案例，从PDB源下载【1tqn】，点击【Apply】，即可在中间的Sequence界面显示其分子结构。

【1tqn】是PDB中的一个条目编号，代表的是人源微粒体细胞色素$\text{P450 3A4}$（CYP3A4）的晶体结构，结构即如上图所示。

部分功能

在打开蛋白质分子后，Protein Viewer左侧的选项卡也跳转到了【State Tree】，可以用于显示、隐藏以及删除某系细节。右侧则提供了一些常用的功能，包括测量、修改蛋白质结构以及导出模型等。

点击1qdn的任意一个区域，则左侧的State Tree都会进一步展开，同时右侧【Structure】下会出现当前聚焦的结构名称，一般会给出氨基酸的缩写。

【Measurement】用于测量，进入之后，依次点击【➕】->【Add one or more selections (toggle mode)】中的光标，即可点击蛋白质中的区域，右侧会依次添加测量结果。

【Quick Styles】用于更改风格，目前提供了三种风格。

【Components】用于修改蛋白质的显示元素。点击【Polymer】->【Set Coloring】，可以调整不同property中的颜色。

三个【Export】工具，分别用于存储模型、存储动态图像以及存储几何结构。