samtools merge bam出错

最新推荐文章于 2024-01-09 19:31:49 发布

搬运工2

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本文链接：https://blog.csdn.net/m0_45323391/article/details/130887885

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当面临大量文件或单个超大文件无法写入的问题时，可以调整系统限制如ulimit-n1024000来增加文件描述符。同时，利用samtoolsmerge的并行处理选项(-f-c-p@32)能有效地分割和合并大文件，提高效率。

摘要由CSDN通过智能技术生成

文件太多或者合成的文件太大无法写入

ulimit -n 1024000

samtools merge -f -c -p -@ 32

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samtools merge bam出错

文件太多或者合成的文件太大无法写入。
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生信技能27 - BAM文件的批量合并

LittleComputerRobot的博客

09-27

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当有多个样本的bam文件时，可以使用samtools的merge命令将这些bam文件进行合并为一个bam文件。

[samtools]merge命令简介

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samtools merge命令的功能描述：当有多个样本的bam文件时，可以使用samtools的merge命令将这些bam文件进行合并为一个bam文件。Merge命令将多个已经排序后的bam文件合并成为一个排序的且保持所有输入记录并保持现有排序顺序的bam文件。若使用-h参数，则将输入文件的@SQ文件头合并到指定的文件头中。否则，所有的文件头都被合并。

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解决samtools将sam文件转换为bam文件时多条重复错误的方法：Duplicate entry “1“ in sam header

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我今天在用samtools将比对好的sam文件转换为bam文件时，一直出现多条重复的错误，如下图我尝试了很多方法，找到了bamutil这个软件，可以解决这个问题，但如果只有一条重复，那可以用下面这个方法 #打印重复的内容 && /1/ ，1需要换成你重复的内容值 awk '/^@/ && /1/ { print } /^[^@]/ { exit }' aln-pe.sam #删除重复的内容 { if (/:1/) 这里面的/:1/，:1需要换成你重复的内容值

Samtools view转sam为bam报错[main_samview] truncated file.

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2022.11.21【bug笔记】|bam文件报错：Cannot add sequence that already exists in SAMSequenceDictionary

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sam文件是通过hisat2，bowtie2或者bwa将rawdata进行比对后得到的包含比对信息的数据格式。经过samtools处理后得到的bam文件经常用于后续分析，比如RNA-seq分析时，可以统计序列的插入片段也可以做后续定量，WGS流程里比对后生产的bam文件也可以去冗余获取snp位点。

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11-05

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samtools是对SAM/BAM等格式进行各种相关操作的软件，功能最丰富。 1. samtools view view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作 1.1查看header 命令 samtoolsview -Htest.bam 1.2将sam文件转换成bam文件 samtools view -bS test.sam > test.bam samtools view -b -S test.sam -o test.bam #...

零基础小白笔记9 | 使用macs2进行调峰

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tmrtmr___的博客

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是一个用于存储基因组测序数据的文件，通常包含控制样本的信号强度或测序深度的信息，包含了对应于基因组上每个位置的控制样本的测序信号值，可以转换为bw文件进一步可视化；1.macs2是一个用于分析染色质免疫共沉淀（ChIP-seq）数据的工具，它可以用来识别转录因子结合位点和组蛋白修饰位点，是由刘小乐实验室开发的一款在ubuntu上运行的专门处理CHIP-Seq数据的下游软件；1.macs2 bdgcmp是 MACS2 工具集中的一个命令，用于比较两个信号文件（如测序峰值调用的结果）之间的差异。

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合并sam文件The samtools merge can merge bam files while it can not work for sam files. samtools merge可以合并bam 文件，而不能用于sam文件。 How to merge sam files on Linux? 如何在Linux上合并sam文件？ According to the sam format...

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对sam/bam文件进行操作 1、view -b：输出bam格式，用于后续分析 -h：默认输出sam文件不带表头，该参数设定后输出带表头信息 sam文件转换为bam文件 samtools view -bS -1 test.sam > test.bam 1 view 从bam/sam文件中提取/打印部分比对结果。默认为所有的区域常见参数：-b 输出bam格式文件，-u 以未压缩的格式输出 -h 增加文件表格的说名, -t 依据当前序列的特点加头（序列输入需要经过samtools faidx 处理过）

samtools 的使用

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1，对fasta文件建立index samtools faidx ref.fasta 注意，如果你执行命令的地方和参考序列不在同一个目录，参考序列用全路径过相对路径，最后的index结果和参考序列在同一个目录里面，而不是执行命令的目录在fasta文件中，对于某一个序列，除了最后一行，其他行所含碱基数应该一样。不同序列每行所含base数可以不一样。但是对于同一个序列，必须遵循上面的规

用shell脚本合并多个文件内容

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现有多个具有相同命名格式及内容格式的文件，要求编写shell脚本将它们合并到一个文件中。

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samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍：sambamba是一个比samtools更强大的操作sam和bam的工具，绝大部分samtools能用的功能sambamba都能用，而且速度和资源占用上都有很大的优化，所以后期用samtools的时候都可以替换成sambamba。1. viewview命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然...

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