Linux服务器安装miniconda、conda换源、pip换源一步到位

1.环境说明

这是一台Ubuntu 22.04.2 LTS。其他类型的Linux如centos也是一样的配置即可。

2.安装miniconda

由于服务器的内存一般有限,一般都是选择相较于anaconda较小的miniconda安装。清华大学收录了许多版本的miniconda,在正式开始之前,可以首先浏览一下你想下载的版本:清华miniconda资源 。下面正式开始:

  • step1: 命令获取miniconda资源
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.9.2-Linux-x86_64.sh

注意,这个http链接的前半部分对应的就是清华miniconda资源库的连接,后半部分是你所选择的miniconda版本,比如这个链接,py38表示的是在conda创建虚拟环境时,默认选择的时3.8版本的python。一般而言大家的服务器都是Linux-x86_64结构的。过程截图如下图所示:

在这里插入图片描述

  • step2: 赋予Miniconda3-py38_4.9.2-Linux-x86_64.sh执行权限

一般而言,从互联网上下载的sh脚本,都是没有赋予其执行权限的,即使你执行这个sh脚本,也不会出现任何结果。因此需要按照下列命令赋予其执行权限

chmod u+x Miniconda3-py38_4.9.2-Linux-x86_64.sh
  • step3: 执行安装脚本
./Miniconda3-py38_4.9.2-Linux-x86_64.sh

在安装过程中有一些命令需要你手动输入:

  1. 输入enter键使安装继续
In order to continue the installation process, please review the license
agreement.
Please, press ENTER to continue
>>> 
  1. 输入yes同意协议
Do you accept the license terms? [yes|no]
>>> yes
  1. 设置要安装的位置
Miniconda3 will now be installed into this location:
/home/xyou/miniconda3

  - Press ENTER to confirm the location
  - Press CTRL-C to abort the installation
  - Or specify a different location below

[/home/xyou/miniconda3] >>> 

通常情况下,你作为Linux的普通用户,你直接按下Enter键默认安装即可。但如果你有强迫症,喜欢干净整洁文件目录。你只需要在>>>后输入你想要安装的路径即可,注意要是绝对路径!(其实就和在windows下安装软件你不想安到C盘想换D盘安装是一个意思)

  1. 是否初始化Miniconda3?
Do you wish the installer to initialize Miniconda3
by running conda init? [yes|no]
[no] >>> yes

我的建议是输入yes,当然你要是足够强,非常熟悉如何配置环境变量的话,那当我没说。输入yes的话,会自动给你配置好相关的环境变量

  1. 安装成功
==> For changes to take effect, close and re-open your current shell. <==

If you'd prefer that conda's base environment not be activated on startup, 
   set the auto_activate_base parameter to false: 

conda config --set auto_activate_base false

Thank you for installing Miniconda3!
  • step4: 输入bash进入base环境

如下图所示,如果想要启用conda,直接输入bash就进入了base环境。另外,如果你想要在登录服务器的时候自动进入base虚拟环境,你可以输入conda config --set auto_activate_base true,当然,若是不想,设置为false即可。
在这里插入图片描述
至此,miniconda安装成功,你可以通过以下命令来检测是否安装成功:

conda --version

如下图:
在这里插入图片描述

3.conda换源

众所周知,miniconda和anaconda都是国外的,很多的依赖资源包都来自国外,因此,如果不进行换源,默认情况下,会访问国外的链接进行下载,这通常会非常之慢,更常见的情况是直接失败。因此,安装好miniconda后,换源是必不可少的步骤,一般大家都是更换为清华的镜像源。

  • 输入以下命令便可换源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

其实输入上述命令后,会在家目录下形成一个隐藏文件.condarc,你输入上述的命令其实是在更改这个文件。如下图所示(输入vim .condarc查看文档内容):

在这里插入图片描述

在这里插入图片描述

因此,若是忘记conda命令如何输入的时候,也可以直接打开.condarc文件编辑文档即可修改源了。

4.pip换源

pip工具在你安装项目依赖时经常使用,使用的频率可能相较于conda更高,但是pip和conda一样都是国外的,因此默认情况下会访问国外的资源库下载,这常常是不会成功的。

  • step1: 在家目录下创建隐藏文件夹.pip
    在这里插入图片描述
    如上图,首先cd进入家目录,然后创建隐藏文件夹.pip
  • step2: 在隐藏文件夹.pip中创建pip.conf文件
    在这里插入图片描述
    如上图,首先cd进入隐藏文件夹,而后vim新建文件并编辑。
  • step3: 编辑pip.conf文件

vim编辑器使用方法,按下i键进入编辑模式,编辑成功后,首先按下Esc键退出编辑模式,而后输入:wq三个键保存并退出,输入:q!表示不保存强制退出。 输入的内容如下:

[global]
index-url = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/

至此,Linux服务器在conda这一块的配置完成!!!

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要在Linux上更换Miniconda的源,你可以按照以下步骤进行操作: 1. 下载并安装Miniconda3,你可以使用如下命令: ``` wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ``` 安装过程中,按照许可协议输入yes,接受默认目录为~/miniconda3,不运行conda命令直接按回车。 2. 初始化conda命令,在终端中输入: ``` conda init ``` 这将初始化conda命令。 3. 检查Miniconda的版本号,在终端中输入: ``` conda -V ``` 这将显示Miniconda的版本号。 4. 检查Python的版本号,在终端中输入: ``` python --version ``` 这将显示Python的版本号。 5. 添加生物频道,以便找到生物学软件,在终端中依次输入以下命令: ``` conda config --add channels conda-forge conda config --add channels bioconda conda config --add channels r ``` 6. 添加清华源,以加快下载速度,在终端中依次输入以下命令: ``` conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes ``` 7. 查看conda的默认配置文件位置,在终端中输入: ``` conda config --show-sources ``` 这将显示conda的默认配置文件位置,通常为~/.condarc。 8. 在配置文件的最后添加以下信息: ``` export PATH=$PATH:/home/你的用户名/miniconda3/bin ``` 将"你的用户名"替换为你的用户名。 完成上述步骤后,你的Miniconda就会使用清华源进行软件包的下载和安装

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