args_oap 3.0版本！！！

序

• 朋友问我，能不能帮他安装一个conda环境并且安装args_oap3.0的本地版本，百度可知conda是包管理工具，原来如此，在后续的安装中折腾了半天，也算是一波三折，记录以下，以备后查
• conda中搜索软件会很慢，然后试着换着清华的源，但是搜索速度还是没有明显改变，而且有一些会搜索失败，可能也是自己配置的不行，所以conda中只采用了通用的配置源（在conda中叫做频道）
• 然后直接根据需要的版本直接指定安装软件的版本（此处因为是使用args_oap，所以使用的是GitHub的构建环境要求）
• 然后就是python版本，本文conda默认的是3.6版本，在安装完conda后，可以利用conda升级python
• 以下路径是我的路径，需要更改成你的路径

安装环境

所需环境

• conda
  • diamond 2.0.15
  • bwa 0.7.17
  • blast 2.12
  • samtools 1.15
  • fastp 0.23.2
• python 3.7
  • pandas
• args-oap 3.2.2

步骤

• 因为以下需要在文件夹中进行，所以首先创建一个属于自己的文件夹

  • 创建文件夹： mkdir /home/shark/disk 此文件夹作为所有数据的存放点
  • 进入此文件夹：cd /home/shark/disk

• conda

  • 创建conda安装文件夹： mkdir condainstallconda的安装文件放置在这里
  • 进入conda安装文件夹： cd condainstall进入conda安装文件夹才进行下载操作
  • 下载conda的安装环境：wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-4.3.21-Linux-x86_64.sh如果可以链接互联网，执行此命令，不行请使用备用选项
    • 备用选项：在环境/conda/Miniconda3-4.3.21-Linux-x86_64.sh存放了此文件 使用硬盘复制
  • 执行安装命令： bash https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-4.3.21-Linux-x86_64.sh
  • 一直回车直到询问**[yes|no]** 输入yes
  • 会出现 >>> 在此按下回车
  • 稍等片刻会，此处询问 [yes|no] 输入yes
  • 让刚刚安装的conda生效：source ~/.bashrc
  • 会重新出现让你输入命令的提示行：输入conda -V提示 conda 4.3.21 则安装成功
  • 添加conda频道
    • conda config --add channels conda-forge
    • conda config --add channels defaults 此条会提示频道已存在，不必担心
    • conda config --add channels r
    • conda config --add channels bioconda
  • 更新conda：conda update conda 此步需要等待一会儿 后续输入 y 完成更新

• diamond

  • conda install diamond=2.0.15 -y

• bwa

  • conda install bwa=0.7.17 -y

• blast

  • conda install bwa=2.12 -y

• samtools

  • onda install bwa=1.15 -y

• fastp

  • conda install bwa=0.23.2 -y

• python升级

  • conda update python

• 下载pandas

  • 更改pip的源

    • mkdir ~/.pip

    • touch ~/.pip/pip.conf

    • vi ~/.pip/pip.conf

    • 按下i打开输入模式

    • 输入 以下内容

    • [global]
      index-url = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
      [install]
      trusted-host=mirrors.aliyun.com
      

    • 按下**esc**

    • 输入**:wq**

  • 升级pip

    • pip install --upgrade pip

  • 安装pandas： pip install pandas

  • 出现命令行后输入：python

  • 输入：import pandas

  • 无错误提示安装成功

  • 输入：exit() 退出python

• args-oap

  • 新建文件夹存放： mkdir /home/shark/disk/args_oap
  • 进入文件夹： cd /home/shark/disk/args-oap
  • 下载args_oap: wget https://www.huistar.top/static/file/args_oap.zip 如果可以链接互联网，执行此命令，不行请使用备用选项 官网地址：https://github.com/xinehc/args_oap
  • 解压：unzip args_oap.zip
  • 去往目录：cd args_oap
  • 安装：python3 setup.py install
  • 出现命令行：args_oap -v 出现 3.2.2
  • 安装完成