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开发一种能够涵盖人体内细胞类型巨大分子多样性以及更广泛跨物种的通用细胞表示，将对细胞生物学产生变革性影响。最近使用单细胞转录组学方法创建细胞图谱的工作为这一目标提供了必要的数据。本文提出了通用细胞嵌入（UCE）基础模型。UCE基于人类和其他物种的细胞图谱数据，以完全自监督的方式训练，无需任何数据标注。UCE提供了一个统一的生物潜在空间，能够表示任何细胞，无论其来自何种组织或物种。尽管不同数据集中存在实验噪声，这种通用细胞嵌入仍能捕捉重要的生物变异。
2025-03-19 18:18:53
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原创 pytorch-lightning 需要指定版本！！！！
直接使用 pip 安装 pytorch_lightning 会安装最新版本的库，且自动更新环境中的 torch 版本。的版本对应，指定版本号安装 pytorch_lightning。pytorch-lightning 需要指定版本！
2025-03-06 16:01:02
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原创 DeepSeek R1 + Ollama + Page Assist
通过Ollama本地（离线）部署DeepSeek R1模型并使用Page Assist进行UI可视化，并支持联网搜索。，可以作为Ollama本地Deepseek模型 的Web UI。变量填入 E:\AI\Ollama，然后将文件夹移动到指定目录。保持Ollama运行，Page Assist会自动检测到。，路径：E:\AI\Ollama\models。会自动下载模型权重，下载后可在命令行进行对话。默认安装在C盘，安装后手动更改系统环境变量，浏览器插件商店搜索并安装。
2025-02-08 16:00:17
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原创 离线 Hugging Face 库问题，.from_pretrained()
当你设置 HF_HOME 后，Hugging Face 库会自动在该目录下创建必要的子目录和文件，但是由于不同的项目开发时的代码定义问题，往往都不能很好的运行。运行🤗 Transformers 在防火墙或离线环境中，通过设置环境变量 HF_HUB_OFFLINE=1 使用本地缓存的文件。离线情况下的 Hugging Face 库目录结构不好定义的问题。地方，都将模型名改成本地绝对路径，本地绝对路径下手动下载模型文件。**终极解决方法：**将项目代码中所有用到。
2025-01-22 09:49:48
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原创 通过Colab&谷歌云下载Figshare数据，超级实用！！！
Figshare数据直接下载会速度很慢，而且很难获取直链，无法存到迅雷云盘。这里使用Colab将任意数据通过命令行工具Wget下载到谷歌云盘上。挂梯子下载也不稳定，Figshare的下载链接好像也是有效期很短。谷歌云下载Figshare数据，以UCE数据为例。，对应云盘的可视化界面。
2025-01-15 14:43:26
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原创 解决Win11系统默认浏览器Edge无法更改为Google Chrome的问题
解决Win11系统默认浏览器Edge无法更改为Google Chrome的问题。保证没有任何管家软件运行，然后再更改默认浏览器就可以了。此时默认使用Google Chrome打开一个网址。如果为微软系统默认浏览器，则会使用Edge打开链接。使用第三方管家软件如腾讯电脑管家，
2024-08-21 16:07:20
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原创 References of Meta-Spider Poster
Unraveling Dark Information in Microbiome Data Through Individual Specific NetworkHaiyang Hou
2024-05-19 16:49:20
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原创 宏基因组从 cleanreads 注释抗生素抗性基因(ARGs)，以ARGs-OAP v3 为例
.....1.sample_path.sh 得到样本文件夹绝对路径。样本文件夹中为双端文件。doecho $pathdone2.suffix.sh 构建软连接，替换文件后缀，存放在suffix文件夹中do")done3.args_oap.sh 生成每个样本的任务脚本do")done。
2023-08-15 16:25:27
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原创 使用高德API进行地址解析：省市县 --＞ 经纬度
使用高德API进行地址解析：省市县 --> 经纬度。其中日期格式：yyyy-MM-dd，编码格式：UTF-8。
2023-03-13 17:20:44
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原创 微生物差异丰度分析方法的综合评价：现状及潜在解决方案
差异丰度分析(DAA)是微生物群数据分析中的一项核心统计任务。一个强大的DAA工具可以帮助确定高度自信的候选微生物，以进行进一步的生物学验证。过去十年中，针对微生物群数据的特殊特征(如零膨胀和组成效应)，提出了许多DAA工具。令人不安的是，不同的DAA工具有时可能会产生非常不一致的结果，从而有可能选择支持自己假设的工具。为了向实地推荐最佳DAA工具或做法，迫切需要进行全面评估，涵盖尽可能多的生物学相关情景。
2022-09-05 14:44:19
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原创 口腔微生物输入量的差异决定了与健康状况相关的两种微生物群肺炎类型
口腔和上呼吸道在解剖学和生理学上与下呼吸道和肺密切相关，口腔和上呼吸道微生物对肺微生物群的影响越来越被人们认识。然而，由于缺乏足够样本量的对照分析，口腔和上呼吸道微生物塑造肺微生物群的生态过程和个体异质性仍不清楚。在这里，对唾液、鼻腔、口咽区和支气管肺泡灌洗液样本的微生物群落进行了分析，并测量了多源微生物对肺微生物群的形成过程。发现口腔和鼻腔微生物输入通过占据不同的生态位共同塑造肺微生物群。还观察到口腔微生物向肺部的扩散是不均匀的，进入肺部的口腔微生物越多与肺功能下降和肺促炎细胞因子增加有关。.....
2022-08-31 15:03:35
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原创 营养缺陷型和原养型条件遗传网络揭示了大肠杆菌中转录因子的重新布线
细菌转录因子 (TF) 在大肠杆菌中得到广泛研究。然而，在环境挑战期间，TF 机制潜在途径中的单个基因如何协同运作仍不清楚。在这里，我们通过应用无偏的、定量的合成遗传相互作用 (GI) 方法来解决这个问题，以测量在营养缺陷型（富培养基）和原养型（最小培养基）静态生长条件下大肠杆菌中所有 TF 基因之间的成对 GI。......
2022-08-31 14:14:56
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翻译 Biosynthetic potential of the global ocean microbiome
天然微生物群落在系统发育和代谢上是多样化的。除了未充分探索的生物群外，这种多样性还包括对生态和生物技术相关的酶和生化化合物的丰富发现潜力。然而，研究这种多样性以确定合成此类化合物的基因组途径并将其分配给各自的宿主仍然具有挑战性。由于在全球范围内分析基因组解析数据的局限性，公海中微生物的生物合成潜力在很大程度上仍然未知。在这里，我们通过整合来自培养和单细胞的大约 10,000 个微生物基因组与来自 1,000 多个海水样本的 25,000 多个新重建的基因组草图，研究了海洋中生物合成基因簇的多样性和新颖性。.
2022-08-29 17:01:30
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翻译 The human skin microbiome
作为人体与环境的外部界面，皮肤充当物理屏障，防止外来病原体入侵，同时为共生微生物群提供家园。皮肤的严酷物理环境，特别是干燥、营养不良、酸性环境，也导致病原体在人类皮肤定植时面临逆境。尽管如此，皮肤还是被多种微生物群定殖。在这篇综述中，我们描述了扩增子和鸟枪法宏基因组 DNA 测序研究，这些研究已用于评估与从界到菌株水平的皮肤相关的微生物的分类多样性。我们讨论了对皮肤微生物群落的最新见解，包括它们在健康和疾病中的组成、物种之间的动态以及与免疫系统的相互作用，痤疮丙酸杆菌、表皮葡萄球菌和金黄色葡萄球菌。...
2022-08-22 17:39:35
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原创 大数据集 Single SparCC 测试
〔五月初八｜芒种｜壬寅虎年 丙午月 庚寅日〕〔阴 30-24℃〕〔CNGB 深圳 • 大鹏〕〉Paper Title 〉〉A randomized controlled trial for response of microbiome network to exercise and diet intervention in patients with nonalcoholic fatty liver disease〉文章题目 〉〉一项关于微生物组网络对非酒精性脂肪肝患者运动和饮食干预反应的随机对照
2022-06-06 11:25:34
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原创 metapi 2.1.1 上手
metapi 2.1.1 上手2022-05-25 四月廿五；多云转阵雨 微风 湿度86%； CNGB 深圳；https://github.com/ohmeta/metapi/尝试在ubuntu上跑一下metapi 2.1.1Running metapi mag_wf:snakemake --snakefile /home/ubuntu/anaconda3/envs/skin/lib/python3.7/site-packages/metapi/snakefiles/mag_wf.smk --c
2022-05-25 15:16:30
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原创 刚出生的 Ubuntu 趁热安装 Anaconda3，配置metapi
刚出生的 Ubuntu 趁热安装 Anaconda3，配置metapi2022-05-25之前的服务器到期了，呜呜呜。所以把腾讯云上海的轻量服务器从 win 重装成了 Ubuntu 18，一张白纸，啥也没有，为了跑宏基因组分析，先装一个Anaconda3。下载&安装 Anaconda3下载 Anaconda3先建一个路径，然后下载 Anaconda3，以轻量服务器的带宽大概几分钟。wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/a
2022-05-25 12:51:32
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原创 利用多组学整合鉴定人类疾病共享的和疾病特异性的宿主基因-微生物组关联
利用多组学整合鉴定人类疾病共有和疾病特异性宿主基因-微生物组关联2022-05-23 本文系谷歌翻译，by小侯原文：Identification of shared and disease-specific host gene–microbiome associations across human diseases using multi-omic integration网址：https://www.nature.com/articles/s41564-022-01121-z文章目录利用多组学整
2022-05-23 13:45:26
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原创 配置 MLTP：win10+PyCharm+conda
回顾2022-05-20，CNGB-shenzhen，本地个人电脑，win10专业版，RTX2060昨天配置了一下 MLBP：https://github.com/xialab-ahu/MLBP，跑了测试数据成功，其实也遇到一些小BUG，主要有几点：bio==0.1.0 问题，提示没有0.1.0版本，使用 pip install Bio 命令安装1.3.8版本也能用，conda 安装版本问题严重，注意使用 pip 安装CUDA 版本问题，之前系统中有 CUDA10.2，MLBP项目使用 CUD
2022-05-20 16:06:28
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VMware-player-15.5.1 用于计算机体系结构实验-分支预测-缓存性能分析等
2020-07-03
Keiluvision2单片机实验.zip
2020-07-02
AsmTools-debug汇编语言+汇编软件MASM和调试.zip
2020-07-03
数字逻辑前两章节学习辅导与课后习题解答答案.pdf
2020-07-03
WinMIPS64.rar 计算机体系结构实验 流水线相关和指令调度实验
2020-07-02
空空如也
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