如何从 GeneCards 中快速批量提取基因摘要？

半桶水的小老虎

已于 2024-10-08 20:34:02 修改

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分类专栏：数据库使用文章标签：数据库

于 2024-10-08 20:32:43 首次发布

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1.克隆库

git clone https://github.com/marswh12312313/GeneSumCrawler.git

2.安装依赖项

pip install selenium beautifulsoup4 pandas

3.安装GeckoDriver 的驱动程序

git clone https://github.com/mozilla/geckodriver/releases/download/v0.35.0/geckodriver-v0.35.0-linux64.tar.gz

4.解压

tar -xvzf /media/wh/20T_2/WDong/Selective_signal/240925_YZ/BIG_SMALL_GTF/GENE/geckodriver-v0.35.0-linux64.tar.gz

5.移动到根目录

sudo mv geckodriver /usr/local/bin/

6.运行脚本

python gene_spider.py

注意：

将基因列表保存在名为 genelist.csv 的文件中，每个基因名称另占一行。
结果将保存在名为的文件中。gene_summaries.csv
参考GitHub - marswh12312313/GeneSumCrawler: Python-based web scraper for extracting gene summaries from GeneCards.