从NCBI下载SRA数据

已于 2023-03-01 11:07:29 修改
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文章标签： linux ncbi
于 2021-08-27 09:16:48 首次发布
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版权 
#下载
/media/wh/20T_1/Bama_pig/wangdong/APP/sratoolkit.2.11.1-centos_linux64/bin/./prefetch SRR2172038
#转换格式FASTQ
/media/wh/20T_1/Bama_pig/wangdong/APP/sratoolkit.2.11.1-centos_linux64/bin/./fastq-dump SRR2172038.sra
#后台运行
nohup left.sh > /dev/null 2>&1 &
#下载数据超过20G时
 ./prefetch --max-size 50G SRR1216770
#帮助文档
 ./prefetch -h

半桶水的小老虎
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欢迎订阅WX众号：基因学苑，更多精彩内容等你发掘！ 基因学苑Q群：32798724 应用场景： 如果自己没有测序数据，比如Pacbio数据，nanopore数据等，想要测试一些软件，或者想重复文章的内容，就需要从SRA数据库下载数据。 SRA数据库介绍 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/ SRA（Sequence ReadArchive）数据库是NCBI用于存储二代...
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