CAT：contig稳健物种分类

CAAS_IFR_zp

已于 2024-04-26 18:26:47 修改

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文章标签： oracle 数据库

于 2024-04-26 10:44:59 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_53945548/article/details/138196119

版权

安装

mamba create -n CAT python=3.10 diamond prodigal
cd SoftWare
git clone https://github.com/MGXlab/CAT_pack
chmod 755 给权限

自己构建数据库

names.dmp nodes.dmp文件可以在Kraken2的文件里面找到 Kraken2+Bracken：宏基因组物种注释_kracken2配合bracken-CSDN博客

我用的是IMG/VR4的蛋白数据库，费了好大劲吧蛋白id和taxid联系起来

接着

~/CAT_pack/CAT_pack/CAT_pack prepare --db_fasta IMGVR_all_proteins-high_confidence.faa \
--names ~/database/kraken2/Standard/taxonomy/names.dmp \
--nodes ~/database/kraken2/Standard/taxonomy/nodes.dmp \
--acc2tax protein_taxid.txt --db_dir IMG_faa_CAT

#结果
[2024-04-26 09:56:04] CAT_pack prepare is done!

Supply the following arguments to CAT, BAT, or RAT if you want to use this database:
-d / --database_folder ~/IMG_faa_CAT/db
-t / --taxonomy_folder ~/IMG_faa_CAT/tax

比对

CAT_pack contigs -c {contigs fasta} -d {database folder} -t {taxonomy folder}

#名字
CAT_pack add_names -i {ORF2LCA / classification file} -o {output file} -t {taxonomy folder} --only_official