Trinity：转录组从头组装

安装

https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki

2024年7月9日实测，Singularity方式下载的容器不完整，docker无法pull，源文件安装在运行过程中会报错。

mamba create -n trinity
mamba activate trinity
mamba install -c bioconda trinity=2.13.2 salmon=1.0.0

使用

#单个文件
Trinity --seqType fq --max_memory 50G \
         --left reads_1.fq.gz  --right reads_2.fq.gz --CPU 6

#多个文件
 Trinity --seqType fq --max_memory 50G  \
         --left condA_1.fq.gz,condB_1.fq.gz,condC_1.fq.gz \
         --right condA_2.fq.gz,condB_2.fq.gz,condC_2.fq.gz \
         --CPU 6