Kalign 3：大型数据集的多序列比对

CAAS_IFR_zp

于 2024-05-06 22:41:33 发布

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文章标签： linux

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_53945548/article/details/138510637

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本文详细指导了Kalign的安装过程及用法，涉及RNA/DNA序列比对类型选择和多线程优化。

摘要由CSDN通过智能技术生成

之前一直用的是muscle，看到一个文章使用了Kalign，尝试一下吧

安装

wget -c https://github.com/TimoLassmann/kalign/archive/refs/tags/v3.4.0.tar.gz
tar -zxvf v3.4.0.tar.gz
cd kalign-3.4.0
mkdir build 
cd build
cmake .. 
make 
make test 
sudo make install

用法

Usage: kalign  -i <seq file> -o <out aln>

--type:       Alignment type (rna, dna, internal). [rna]
              Options: protein, divergent (protein) 
                       rna, dna, internal (nuc). 
-n/--nthreads:Number of threads. [4]