Ubuntu Linux系统安装“Smina”对接程序的方法

Pre-built binaries （预编译的版本）are provided that were built on Ubuntu 14.04.  The main dependencies are boost (1.54) and openbabel.  A static binary is provided in case these dependencies cannot be met (however, it probably still will not work if the kernel is older than 2.6.24).



If building from source（源代码手动编译）:
```

apt install git libboost-all-dev libopenbabel-dev build-essential libeigen3-dev

git clone https://git.code.sf.net/p/smina/code smina-code

cd smina-code

mkdir build

cd build

cmake ..

make -j12

```

实例：受体（PDBid：1OYT）和其晶体内部的配体（FSN）的对接。

蛋白质和配体的分离和预处理，可以使用PyMol完成，如下：（或者Maestro、Chimera等等软件）

fetch 1OYT
remove resn HOH
h_add elem O or elem N
select 1OYT-FSN, resn FSN #Create a selection called 1OYT-FSN from the ligand
select 1OYT-receptor, 1OYT and not 1OYT-FSN #Select all that is not the ligand
save 1OYT-FSN.pdb, 1OYT-FSN
save 1OYT-receptor.pdb, 1OYT-receptor

 得到两个结构处理好的pdb文件。

可以使用openbabel将两者转换为pdbqt格式的文件：

obabel 1OYT-receptor.pdb -xr -O 1OYT-receptor.pdbqt
obabel 1OYT-FSN.pdb -O 1OYT-FSN.pdbqt

然后使用smina的命令对其进行对接：

smina.static -r 1OYT-receptor.pdbqt -l 1OYT-FSN.pdbqt --autobox_ligand 1OYT-FSN.pdbqt --autobox_add 8 --exhaustiveness 16 -o 1OYT-redock.pdbqt

其中，"--autobox_ligand 1OYT-FSN --autobox_add 8" 代表对接盒子以配体为中心，向外扩展8埃的距离为对接盒子的尺寸。

最终输出的 1OYT-redock.pdbqt 与原先的晶体实验结合姿态做对比：