安利ChemDes平台计算分子描述符、分子指纹

最新推荐文章于 2023-11-23 01:23:20 发布
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分类专栏： 化合物 文章标签： 经验分享 机器学习
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本文链接：https://blog.csdn.net/m0_55097528/article/details/122116212
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ChemDes是一种基于Web的基于Web的平台，用于计算分子描述符和指纹，它提供3679个分子描述符，分为61个逻辑块。

此外，它为药物分子提供了59种分子指纹系统，包括拓扑指纹、电质拓扑状态（E-ZEE）指纹，MACCS键，FP4键，原子对指纹，拓扑扭转指纹和摩根/圆形指纹等。

 选择ChemDes的WebServer的服务项，有以下几个选项：

 

LRJ-jonas
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专栏目录
RDKit|分子指纹提取、相似性比较及应用
最会设计的科研狗
05-15 1万+
文章目录一、分子指纹提取1.Topological Fingerprints2.MACCS3.Atom Pairs and Topological Torsions4.Morgan Fingerprints (Circular Fingerprints)二、相似性比较 一、分子指纹提取 1.Topological Fingerprints 也叫RDKit topological fingerprint。该算法受Daylight fingerprint启发而产生,它会计算所有介于minPath和maxPath
RDKit计算摩根分子描述符
LRJ的博客
09-27 2059
公共版本包含166个键，即166个 “0或1”，其中每个键对应于特定的分子特征，例如存在羰基（键154：（'[＃6] = [＃8]'，0），RDkit中的#C = O.实现）摩根型指纹是一种圆形指纹。每个原子的环境和连通性被分析到给定的半径，并且每种可能性都被编码。因此，圆形指纹是原子类型和分子连通性的系统探索，而MACCS键依赖于要匹配的预定义分子特征。“当比较ECFP / FCFP指纹和RDKit生成的Morgan指纹时，请记住ECFP4中的4对应于所考虑的原子环境的直径，而Morgan指纹采用的是。
分子描述符和分子相似性
qq_48188780的博客
11-02 6973
分子描述符 数字化的产物，数值指标 比如性别 必须要用1代表男，2代表女 分子结构不是数值也不是数值的集合 分子结构必须要变换成数字的形式才是分子描述符 定量构效关系 分子相似性
底物的分子描述符计算及 CYP450 酶-底物选择性技术研究
ShenggengLin的博客
12-09 2577
本篇推文引自：基于网络的标签空间划分方法预测 CYP450 酶-底物选择性 1. 分子描述符计算     本文计算了四种类型的底物分子描述符并把他们当成 4 类特征表示用于机器学习建模，这 4 类特征包括：物化（Physiochemical, PC）特征描述符，mol2vec （M2V）描述符，扩展连接指纹（ECFP）和 Molecular ACCess System（MACCS） 密匙指纹。     在计算物化性质描述符时，通过使用一个经 Python 开源的化学信息包 RDKit（http://www.
分子描述符相关（ Molecular Descriptor）
wangyiqi806643897的专栏
01-20 1万+
Quantitative studies on structure-activity and structure-propertyrelationships are powerful tools in directed drug research. Inrecent years, various strategies have been developed tocharacterize and c
人工智能药物研发
YHJX57的博客
01-04 1549
过去几年里，以人工智能为代表的新技术的引入，通过利用自然语言处理、深度学习、机器学习和图像识别等对传统的计算机辅助药物设计带来显著的效率提升，并极大地增加了研发成功的可能性。目前，我国AI药物研发主要应用在药物发现阶段，其中，靶点发现、先导化合物研究和化合物筛选、化合物合成是AI+药物研发最热门的领域，按照应用场景的发展速度来看，未来药物发现、合成或将成自动化程度最高的方向。但是AI药物研发也面临着急需要解决的问题，AI药物研发兼具信息科技和医药双重属性，需要AI的人才也需要懂药物研发的人才，需要培养一批具
AIDD生物分子表征、类药性评价、KNIME软件
pang0416的博客
12-30 837
分子表征及特征提取、结构、数据预处理、人工智能药物设计算法和软件、特征选择、模型的评价与解释、类药性和ADMET评价实践、GRK2抑制剂筛选实践专业技术。
人工智能药物设计技术
m0_63259052的博客
01-07 513
过去几年里，以人工智能为代表的新技术的引入，通过利用自然语言处理、深度学习、机器学习和图像识别等对传统的计算机辅助药物设计带来显著的效率提升，并极大地增加了研发成功的可能性。目前，我国AI药物研发主要应用在药物发现阶段，其中，靶点发现、先导化合物研究和化合物筛选、化合物合成是AI+药物研发最热门的领域，按照应用场景的发展速度来看，未来药物发现、合成或将成自动化程度最高的方向。但是AI药物研发也面临着急需要解决的问题，AI药物研发兼具信息科技和医药双重属性，需要AI的人才也需要懂药物研发的人才，需要培养一批具
人工智能药物设计技术与应用实践
Angus_1的博客
06-03 610
人工智能药物设计技术与应用实践 课程名称 课程内容 分子表征及特征提取 1. 分子描述符和分子指纹 1.1 分子描述符和分子指纹概念 1.2 分子描述符类别和特点 1.3 分子指纹的类别和特点 2. 分子描述符/指纹计算软件 2.1 分子表示方法和格式 ...
mysql报错502_Nginx+uWSGI+Django 502 Bad Gateway错误
weixin_31011587的博客
02-02 576
Ubuntu12.04+Nginx 1.4.4 + Django1.5.2+uWSGI 2.0.8构建两个应用：ChemDes ， BioTriangle。在BioTriangle提交计算服务的时候，超过70秒的计算会弹出502错误。1.根据错误提示，首先百度，发现可能是Timeout的问题，于是首先查看uWSGI 中，harakiri(形象的叫做切腹，超过这个时间的请求就会被丢弃)。发现本机设置...
指纹生成工具SFingerDemo
01-09
用于人工生成指纹图像，满足一般指纹图像要求，方便用来生成作为指纹识别测试所用的指纹数据库。
DeepChem教程4:分子指纹
lishaoan77的专栏
03-01 8447
分子可以用多种方法表示。本教程介绍一种方法叫做"分子指纹（molecular fingerprint）"，这是一种简单的表示主法，对于小分子类药物来说通常工作得很好。 In [1]: import deepchem as dc dc.__version__ Out[1]: '2.4.0-rc1.dev' 什么叫指纹？ 深度学习几乎总是以数组作为它们的输入。如果我们要用深度学习来处理它们，我们需要一个或多个数组来表示分子。许多（不是所有）的模型要求它们...
【分子指纹】化学分子指纹的概念和应用（非常重要）
最新发布
DJJ5210的博客
11-23 5039
分子指纹(Molecular fingerprints)可以低计算成本的方式表示大规模化学数据集中化合物的化学(结构、物理化学等)性质。它们在将化学数据集中的分子转换为适合于计算方法的一致输入格式(bit向量或数值)方面发挥着重要作用。在这篇综述中，
RDKit|摩根分子指纹计算、提取与可视化
热门推荐
最会设计的科研狗
05-07 1万+
文章目录一、摩根分子指纹计算1.简介2.SparseIntVects3.ExplicitBitVects4.FCFPs5.更多泛化二、摩根分子指纹提取1.提取方法一2.提取方法二三、指纹可视化 一、摩根分子指纹计算 1.简介 摩根分子指纹（Morgan Fingerprints），是一种圆形指纹，也属于拓扑型指纹，是通过对标准的摩根算法进行改造后得到。可以大致等同于扩展连通性指纹（Extended...
RDKit | 基于不同描述符和指纹的机器学习模型预测logP
DrugAI
10-24 4377
log P(油水分配系数)是确定化合物是否适合用作药物的最重要属性之一。当前，用于计算机预测log P的大多数可用回归模型都在实验测得的log P值（PHYSPROP数据库）。但是，该数据库中的大多数化合物并不高度代表药物样化学空间。不幸的是，当前缺乏可用于训练更好的预测工具的公开可用的实验log P数据集。 此测试使用论文中发布的实验log P数据：“Large...
RDKit | 基于分子指纹的分子相似性
DrugAI
10-14 4214
分子相似性： 相似性原理（similar property principle）指出，总体相似的分子应具有相似的生物活性。 相似性评估 化合物的指纹对于使用计算机考虑化合物的相似性是必需的。已经提出了各种评估方法，但是最常用的评估方法称为“Tanimoto系数”。使用以下等式从两个分子A和B的位阵列指纹计算Tanimoto系数： 导入库 import pandas ...
RDKit | 基于分子指纹可视化化学空间
DrugAI
01-13 3841
根据化学结构可视化化合物空间 方法 计算分子指纹 为每种化合物生成一个指纹并减小其尺寸，以便可以将其绘制在平面上。根据相似性原理，“相似的化合物具有相似的性质”，具有相似结构和性质的化合物应紧密地分布在一个平面上。 尝试使用Morgan指纹。 PCA降维方法 使用主成分分析（PCA）和UMAP进行尺寸缩减。PCA是最常用的方法，但由于...
RDKit | 化合物芳香度分子描述符的计算与相关性比较
DrugAI
10-18 4217
分子描述符是确定分子性质的指标。 本文想看看描述分子特性中侧重于“化合物芳香度”的描述符。随着交叉偶联反应的发展，将芳环引入分子变得更加容易。另一方面，已知具有多个芳环的化合物的物理性质不是非常良好。因此，从数字上把握化合物的芳香度是药物发现化学研究中的有用指南。 已经提出了各种描述符： 表示芳香度的描述符的定义和性质 如何使用RDKit计算 芳香指标：...
RDKit | 基于分子指纹的相似性图
DrugAI
10-17 3488
Similarity Maps 相似性图是一种可视化原子对分子和参考分子之间相似性的贡献的方法。相似性图可用于可视化和确认相似区域。 导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Draw import Similarity...
分子生成中常见分子描述符介绍及代码实现
gcn_Raymond的博客
12-08 8066
一、背景介绍 本文针对计算机辅助药物设计 (CADD)中的分子生成方向进行一下总结，主要内容是根据模型生成的分子理化性质检验，包括多种性质的定义、计算公式、评价指标及实现代码。 计算机辅助药物设计 (CADD) 提高了药物发现的速度。在不同的方法中，DL方法一般通过神经网络训练大量的样本数据来学习样本的分子结构。不同于传统的相似配体（ligand）搜索，DL模型在训练过程中通过学习先验知识获取特征信息和一般规则。在深度学习领域，生成模型可以有效地生成具有所需特性的新化合物...
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