化合物
LRJ-jonas
药物设计
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pymol也可以录制“宏”操作?
参考http://pymol.sourceforge.net/newman/user/S0210start_cmds.html,简单点说就是先用log_open log1.-open-source -c conda-forge 安装,然后就可以在python中import了。创建一个日志文件,然后不管是命令行还是鼠标操作都会保存在这个文件里。对了,在conda中,可以用 conda install。原创 2023-03-01 17:07:30 · 321 阅读 · 0 评论 -
固定类似化合物公共结构的取向,方便比较差异
固定公共子结构,更直观地表现类似的化合物原创 2022-03-15 11:11:43 · 693 阅读 · 0 评论 -
批量计算sdf格式分子的五倍率描述符,并生成表格
一个脚本就能批量得到sdf化合物分子文件的五倍率描述符,生成一个excel表格!首先,找个文件夹,将脚本放进文件夹中。然后创建一个名为linpinski_description_task的文件夹,把化合物分子放入linpinski_description_task文件夹中。然后执行脚本就得到csv表格了!(注意sdf的文件不能有中文符号)美中不足的是,当前的版本批量处理得到的描述符文件是这个样子的:每个分子的具体信息上方都会出现列名。要解决这个问题很简单,使用excel的“数据”、“..原创 2022-02-27 23:25:00 · 649 阅读 · 0 评论 -
安利ChemDes平台计算分子描述符、分子指纹
ChemDes是一种基于Web的基于Web的平台,用于计算分子描述符和指纹,它提供3679个分子描述符,分为61个逻辑块。此外,它为药物分子提供了59种分子指纹系统,包括拓扑指纹、电质拓扑状态(E-ZEE)指纹,MACCS键,FP4键,原子对指纹,拓扑扭转指纹和摩根/圆形指纹等。选择ChemDes的WebServer的服务项,有以下几个选项:...原创 2021-12-24 12:34:41 · 2059 阅读 · 7 评论 -
Chemdraw —— SMILES与二维结构之间的互相转换
在ChemDraw画出一个分子的结构图,想得到其SMILES,直接选中后右键→Molecule→copy as这是粘贴板就保存了其SMILES,直接粘贴在想要的位置就好了。或者在菜单栏选Edit→Copy as →SMILES是一样的已知一个分子的SMILES,可以在Edit→paste special →SMILES就可以得到你粘贴板中的SMILES的结构图...原创 2021-11-24 16:07:19 · 20248 阅读 · 1 评论