生信MacOS ｜ Repeatmasker&Repreatmodeler installation

system version：macOS Catalina 10.15.7

1.Repeatmasker installation 

#1.下载TRF
conda install -c bioconda TRF
#下载到了/Users/yourname/miniconda3/bin/trf

#2.下载RmBlast
conda install -c bioconda RMBlast

#3.下载RepeatMasker
在safari打开http://www.repeatmasker.org/RepeatMasker/RepeatMasker-4.1.2-p1.tar.gz
tar xvf RepeatMasker-4.1.2-p1.tar #下载完后的格式是tar（如果是tar.gz则用xzvf解压）
cd RepeatMasker 
chmod -R 755 *
./configure

#4.环境配置
vim ~/.zshrc
export PATH=/your/path/to/RepeatMasker
wq保存并退出（切换成英文输入法才能打出：wq）

#5.检测下载
RepeatMasker -h
##RepeatMasker version 4.1.2-p1
##Option h is ambiguous (help, hmmer_dir, html)
##......
##......
##AUTHORS
##    Arian Smit <asmit@systemsbiology.org>
##
##    Robert Hubley <rhubley@systemsbiology.org>

2.RepeatModeler installation

#写在前面：记住自己下载路径，在repeatmodeler软件安装时候需要填写路径
#1.Recon下载
conda install -c bioconda Recon

#2.RepeatScout下载
conda install -c bioconda RepeatScout

#3.genometools下载
##非常折磨我的一个下载了
##conda install -c bioconda GenomeTools
##如果下载成功后使用gt -help检测是否下载成功
##因为我下载不成功，百度后选择用源码编译进行
##但是在make的步骤时出现了缺失cairo.h
##重新下载cairo依然提出缺少cairo.h
##最后想用brew下载
brew install genometools
##同样brew的下载过程中依然出现Error报错如下
#tar: Error opening archive: Failed to open
#'/Users/path/989d6c7da7a8f0a2e04efaa5b39cfb5d93dddbdba1aa59cc2b2b0c176232cbae--fribidi-1.0.10.catalina.bottle.tar.gz'
brew install fribidi
brew install genometools
gt -help

#4.LTR_retriever下载
safari打开https://github.com/oushujun/LTR_retriever/archive/master.zip
解压即可

#5.MAFFT/CDHIT/Ninja下载
conda install -c bioconda 标题软件名

#6.USCSTOOLS下载
##主要是：twoBitToFa, faToTwoBit, twoBitInfo
safari打开http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/twoBitToFa
safari打开http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/faToTwoBit
safari打开http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/twoBitInfo
新建文件夹，命名为USCSTOOLS
#把上述文件拖进USCSTOOLS
chmod 755 *

#7.repeatmodeler下载
safar打开http://www.repeatmasker.org/RepeatModeler/RepeatModeler-2.0.2a.tar.gz
tar vcf RepeatModeler-2.0.2a.tar
cd RepeatModeler-2.0.2a.tar
sudo perl ./configure #不加sudo有可能在写完ninja路径后因为没有权限而安装失败
##安装完成后
##-- Setting perl interpreter and version...
##Congratulations!  RepeatModeler is now ready to use.