RepBaseRepeatMaskerEdition下载 | RepeatMasker

最新推荐文章于 2024-11-01 12:20:35 发布

weixin_33915554

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文章标签：数据库 awk

开源的生物信息世界居然有这么个需要注册才能下载的工具，开源世界不是怎么方便怎么来吗？

这个注册真的麻烦，这里上传了一个可以使用的版本。

RepBaseRepeatMaskerEdition-20170127.tar.gz

想转成fasta可以用如下命令：

awk -f awk.sh RMRBSeqs.embl > raw.fasta
cat raw.fasta | cut -f1-9 -d' '| sed -e 's/ID   //g' | sed -e 's/repeatmasker\;//g'| sed -e 's/ //g' > RepBase.fasta

其中awk.sh文件内容为：

/^ID/   {printf(">%s;",$0); next;}
/^(PT|PA)/  {printf(" %s;",$0); next;}
/^\/\// {printf("\n"); next;}
/^    / {printf("\n%s",substr($0,5)); next;}
    {
    /* ignore default */
    }
END   {
    printf("\n");
    }