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单细胞数据分析
收集单细胞分析相关笔记
红鲤绿与鱼
一名CAAS在读硕士研究生
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单细胞转录组学习流程&总结——(一)背景原理+软件安装+上游分析
由于这里作者上传的只有两边Read的fastq,不包含Index,因此只批量命名了两个Read文件名称,如果项目包含了index,可根据需求结合cellranger官方建议进行改写。将cellranger的路径加入$PATH,这样只需要在终端输入cellranger就可以执行命令。虽然安装完毕,但是现在要运行cellranger的话需要在终端输入cellranger的整个路径。终于知道是怎么回事了,是由于我已经临时加载环境变量,导致那些命令都不能用了,所以后面重新进入。重命名,脚本如下,命名为。原创 2024-07-03 17:32:03 · 877 阅读 · 0 评论 -
关于分析猪的单细胞数据进行质控时没有匹配到线粒体基因这件事
整理得到线粒体基因的。原创 2024-08-05 17:14:22 · 164 阅读 · 0 评论 -
下载3日龄不同品种猪(杜洛克、野生型猪、莱芜猪)单细胞数据
重命名,脚本如下,命名为。原创 2024-08-06 08:50:39 · 129 阅读 · 0 评论 -
cellranger count 报错:一次性向服务器投递多个任务
可能是由于服务器资源不够。原创 2024-07-04 21:02:38 · 146 阅读 · 0 评论 -
单细胞数据分析问题(一)对多样本进行标准化&使用glmGamPoi包
包进行并行或异步计算时,你尝试导出的全局变量总大小超出了。当你的全局变量总大小超过这个限制时,就会触发这个错误。选项来增加允许的全局变量大小。例如,如果你想将其设置为。选项所允许的最大值。默认情况下,这个最大值被设置为。出现这个错误是因为在使用R语言的。为了解决这个问题,你可以通过调整。原创 2024-08-16 21:49:34 · 314 阅读 · 0 评论