2024年最全使用vsearch进行its扩增子高通量序列分析步骤_its扩增子数据库

注意事项：无论使用编译安装还是使用二进制直接复制运行，都要注意安装对应版本的依赖库，出现报错时参考一下github里安装指定依赖， 高版本的vesearch对应的glibc也较高，可能需要重新编译新版本的zlib之类的库（如有不会调试的，欢迎骚扰！）

安装完后，将指定安装目录加入系统环境，集群或超算建议使用共享目录，多节点同时运行，方便后面直接运行，安装好后可查看版本：

3、vsearch分析步骤：按顺序

###双端配对，使用参数mergepairs ，与usearch使用方法一致，但注意加参数的时候的格式
vsearch --fastq_mergepairs fastq_1.fq --reverse fastq_2.fq --fastqout merged.its1.fq --relabel @
# label可以按自己喜好，但要注意与后面的label提取对应，一般不建议修改

merge 结果： 注意merged后面的百分数，正常应该比较高，如果远低于其他文献或者自己其他样品，需要注意

翻转序列，并与原序列合并：

###翻转序列，并将翻转序列与原序列合并到一个文件
vsearch --fastx_revcomp merged.its1.fq --fastqout merged.its1_rc.fq
#多个文件可使用for语句


#翻转完成后直接合并原序列
ca