深入浅出医学数据可视化：使用Python绘制涟漪图

在医学领域，数据可视化是理解和分析复杂信息的重要工具。涟漪图（Ripple Map）作为一种独特的可视化手段，能够直观地展示地理空间上的数据分布，辅助医疗资源规划、疾病监测与防控以及医学研究。本文将深入探讨涟漪图的特点、作用与价值，并通过具体的Python代码示例，展示如何实际绘制和应用涟漪图。

涟漪图概述

涟漪图是一种基于地理位置的可视化图表，通过在地图上使用不同大小或颜色的圆形来表示特定数据的分布。每个圆形对应一个地理位置，其大小或颜色反映该位置的数据值。这种图表能够让我们一目了然地了解数据在空间上的分布情况，识别出数据集中的集中区域或差异显著的地区。

涟漪图的作用与价值

1. 直观呈现地理分布

涟漪图能够清晰地展示数据在地理空间上的分布。例如，在医学研究中，可以使用涟漪图展示某种疾病在不同地区的发病情况，或是医疗资源在各个区域的分布状态。

2. 突出数据集中区域

通过涟漪图，能够快速识别出数据集中的高密度区域。这对于确定医疗资源丰富的地区、疾病高发区域等具有重要意义，有助于进行针对性的资源分配和疾病防控。

3. 便于比较地区差异

涟漪图使得不同地区的数据差异一目了然，便于制定区域医疗政策和开展相关医学研究。

实战案例：全国各省市三甲医院分布涟漪图

为了更好地理解涟漪图的应用，本文将通过一个实际案例，结合Python代码，展示如何绘制全国各省市三甲医院的分布涟漪图。

案例背景

假设我们有一份包含全国各省市三级甲等医院（简称三甲医院）数量的数据。目标是通过涟漪图，直观展示各省市三甲医院的分布情况，识别医疗资源分布不均衡的问题，为合理调配医疗资源提供数据支持。

所需工具与库

在本案例中，我们将使用以下Python库：

• pandas：用于数据处理与分析。
• geopandas：用于地理数据处理。
• matplotlib：基础绘图库，用于绘制涟漪图。
• contextily：用于添加底图，提高地图的可读性。
• plotly：用于创建交互式涟漪图（可选）。
• dash：用于将涟漪图集成到Web应用中（可选）。

确保你已经安装了这些库。如果没有安装，可以使用以下命令进行安装：

pip install pandas geopandas matplotlib contextily plotly dash

数据准备

首先，我们准备一份包含省市名称及对应三甲医院数量的数据。以下是一个简化的示例数据集：

import pandas as pd

# 创建示例数据
data = {
    '省市': ['北京', '上海', '广东', '江苏', '浙江', '山东', '河南', '四川', '湖北', '湖南'],
    '三甲医院数量': [70, 60, 150, 120, 90, 100, 80, 110, 85, 95]
}

df = pd.DataFrame(data)
print(df)

输出：

   省市  三甲医院数量
0  北京        70
1  上海        60
2  广东       150
3  江苏       120
4  浙江        90
5  山东       100
6  河南        80
7  四川       110
8  湖北        85
9  湖南        95

接下来，我们需要为每个省市添加地理坐标（经纬度），以便在地图上准确定位。以下示例中，我们手动添加大致的经纬度数据。

# 手动添加经纬度（示例数据，实际应用中应使用精确坐标）
coordinates = {
    '北京': {'longitude': 116.405285, 'latitude': 39.904989},
    '上海': {'longitude': 121.472644, 'latitude': 31.231706},
    '广东': {'longitude': 113.280637, 'latitude': 23.125178},
    '江苏': {'longitude': 118.763234, 'latitude': 32.041544},
    '浙江': {'longitude': 120.153576, 'latitude': 30.287459},
    '山东': {'longitude': 117.000923, 'latitude': 36.675807},
    '河南': {'longitude': 113.665412, 'latitude': 34.757975},
    '四川': {'longitude': 104.066541, 'latitude': 30.572269},
    '湖北': {'longitude': 114.298572, 'latitude': 30.584355},
    '湖南': {'longitude': 112.982279, 'latitude': 28.194090}
}

# 将经纬度添加到数据框中
df['longitude'] = df['省市'].apply(lambda x: coordinates[x]['longitude'])
df['latitude'] = df['省市'].apply(lambda x: coordinates[x]['latitude'])
print(df)

输出：

   省市  三甲医院数量    longitude   latitude
0  北京        70  116.405285  39.904989
1  上海        60  121.472644  31.231706
2  广东       150  113.280637  23.125178
3  江苏       120  118.763234  32.041544
4  浙江        90  120.153576  30.287459
5  山东       100  117.000923  36.675807
6  河南        80  113.665412  34.757975
7  四川       110  104.066541  30.572269
8  湖北        85  114.298572  30.584355
9  湖南        95  112.982279  28.194090

绘制涟漪图

接下来，我们使用geopandas和matplotlib绘制涟漪图。

import geopandas as gpd
import matplotlib.pyplot as plt
import contextily as ctx

# 创建GeoDataFrame
gdf = gpd.GeoDataFrame(
    df,
    geometry=gpd.points_from_xy(df.longitude, df.latitude),
    crs='EPSG:4326'  # WGS84坐标系
)

# 转换为Web Mercator坐标系，以便与底图匹配
gdf = gdf.to_crs(epsg=3857)

# 设置图形大小
plt.figure(figsize=(12, 8))

# 绘制底图（空白图）
ax = gdf.plot(figsize=(10, 10), alpha=0.0)

# 添加底图
ctx.add_basemap(ax, source=ctx.providers.Stamen.TerrainBackground)

# 绘制涟漪
gdf.plot(
    ax=ax,
    markersize=gdf['三甲医院数量'] * 10,  # 调整圆形大小
    color='red',
    alpha=0.6,
    edgecolor='k'
)

# 添加标题和注释
plt.title('全国各省市三甲医院分布涟漪图', fontsize=16)
plt.xlabel('经度')
plt.ylabel('纬度')

# 添加图例
import matplotlib.patches as mpatches
from matplotlib.legend import Legend

# 创建自定义图例
sizes = [60, 90, 120, 150]
labels = ['60家', '90家', '120家', '150家']
handles = [plt.scatter([], [], s=size*10, color='red', alpha=0.6, edgecolors='k') for size in sizes]

legend = ax.legend(handles, labels, title='三甲医院数量', scatterpoints=1, loc='lower left', fontsize=10)
ax.add_artist(legend)

# 显示图形
plt.show()

图示效果：

注：图片链接为示例，实际操作时将生成相应的图形。

代码解析

1. 数据转换与地理处理：

   • 使用geopandas.GeoDataFrame将数据框转换为地理数据框，并指定经纬度作为几何点。
   • 通过to_crs方法将坐标系转换为Web Mercator（EPSG:3857），以匹配底图坐标系。

2. 绘制底图：

   • 使用contextily添加地形底图，提高地图的可读性。
   • source=ctx.providers.Stamen.TerrainBackground指定底图的样式，可以根据需要更换不同的底图源。

3. 绘制涟漪：

   • 通过gdf.plot绘制圆形，markersize参数根据三甲医院数量乘以一个系数（如10）调整大小。
   • alpha设置圆形的透明度，edgecolor设置圆形边缘颜色，增强视觉效果。

4. 图例与注释：

   • 使用matplotlib.patches和Legend创建自定义图例，帮助读者理解圆形大小与三甲医院数量之间的对应关系。
   • 添加标题和轴标签，提升图形的可读性。

结果分析

通过上述涟漪图，我们可以清晰地看到全国各省市三甲医院的分布情况。以下是一些关键观察点：

• 广东拥有最多的三甲医院，圆形最大，显示其医疗资源丰富。
• 北京和上海作为直辖市，也拥有较多的三甲医院，表明其在医疗资源上的领先地位。
• 江苏和四川等经济发达地区同样有较多的三甲医院。
• 相比之下，湖北和湖南的圆形较小，提示这些地区的三甲医院数量相对较少，可能需要进一步的医疗资源支持。

通过这种可视化分析，医疗管理者能够迅速识别出医疗资源分布不均的区域，制定相应的资源调配方案，如在资源匮乏的地区增加医疗设施或优化现有资源配置。

涟漪图的高级应用与优化

在实际应用中，为了提升涟漪图的表达力和交互性，可以进行以下优化与扩展：

1. 动态涟漪图

通过结合实时数据，可以创建动态涟漪图，实时反映医疗资源或疾病状况的变化。使用Plotly库，可以实现更为动态和交互性的涟漪图。

示例代码：

import plotly.express as px

# 转换回WGS84坐标系
gdf_wgs84 = gdf.to_crs(epsg=4326)

# 创建交互式涟漪图
fig = px.scatter_mapbox(
    gdf_wgs84,
    lat=gdf_wgs84.geometry.y,
    lon=gdf_wgs84.geometry.x,
    size='三甲医院数量',
    color='三甲医院数量',
    hover_name='省市',
    size_max=50,
    zoom=3,
    mapbox_style="carto-positron"
)

fig.update_layout(
    title='全国各省市三甲医院分布涟漪图',
    title_x=0.5
)

fig.show()

特点：

• 交互性强：支持鼠标悬停显示详细信息。
• 动态查看：可以放大、缩小地图，动态查看各区域情况。

2. 添加多维度数据

在涟漪图中可以同时展示多个维度的数据，如除了三甲医院数量，还可以展示每个医院的床位数、医生数量等。

示例代码：

# 添加床位数（示例数据）
df['床位数'] = [500, 450, 1500, 1200, 900, 1000, 800, 1100, 850, 950]

# 更新GeoDataFrame
gdf = gpd.GeoDataFrame(
    df,
    geometry=gpd.points_from_xy(df.longitude, df.latitude),
    crs='EPSG:4326'
).to_crs(epsg=3857)

# 绘制涟漪图，颜色代表床位数
plt.figure(figsize=(12, 8))
ax = gdf.plot(figsize=(10, 10), alpha=0.0)
ctx.add_basemap(ax, source=ctx.providers.Stamen.TerrainBackground)

gdf.plot(
    ax=ax,
    markersize=gdf['三甲医院数量'] * 10,
    column='床位数',
    cmap='OrRd',
    alpha=0.6,
    edgecolor='k',
    legend=True,
    legend_kwds={'label': "床位数"}
)

plt.title('全国各省市三甲医院分布涟漪图（按床位数着色）', fontsize=16)
plt.xlabel('经度')
plt.ylabel('纬度')

plt.show()

效果：

• 颜色深浅：直观展示各省市三甲医院的床位数。
• 双重维度：圆形大小表示三甲医院数量，颜色表示床位数，数据表达更为全面。

3. 优化数据重叠问题

在数据密集的区域，圆形可能会相互覆盖，影响可读性。为了解决这一问题，可以采用以下方法：

• 调整透明度：增加圆形的透明度，使重叠部分仍可见。
• 优化边缘颜色：使用对比色或白色边缘，减少重叠视觉。
• 使用不同符号：替换圆形为其他形状，减少视觉干扰。

示例代码：

plt.figure(figsize=(12, 8))
ax = gdf.plot(figsize=(10, 10), alpha=0.0)
ctx.add_basemap(ax, source=ctx.providers.Stamen.TerrainBackground)

gdf.plot(
    ax=ax,
    markersize=gdf['三甲医院数量'] * 10,
    color='blue',
    alpha=0.4,  # 增加透明度
    edgecolor='white',  # 使用白色边缘，减少重叠视觉
    linewidth=0.5
)

plt.title('全国各省市三甲医院分布涟漪图（优化重叠显示）', fontsize=16)
plt.xlabel('经度')
plt.ylabel('纬度')

plt.show()

4. 集成到Web应用中

通过将涟漪图集成到Web应用中，可以实现实时数据可视化和交互功能。使用Dash框架，可以创建动态的医学可视化平台。

示例代码：

import dash
from dash import Dash, html, dcc
import plotly.express as px

# 准备数据
gdf_wgs84 = gdf.to_crs(epsg=4326)

# 创建Dash应用
app = Dash(__name__)

fig = px.scatter_mapbox(
    gdf_wgs84,
    lat=gdf_wgs84.geometry.y,
    lon=gdf_wgs84.geometry.x,
    size='三甲医院数量',
    color='三甲医院数量',
    hover_name='省市',
    size_max=50,
    zoom=3,
    mapbox_style="carto-positron",
    title='全国各省市三甲医院分布涟漪图'
)

app.layout = html.Div([
    html.H1("医学可视化之涟漪图"),
    dcc.Graph(figure=fig)
])

if __name__ == '__main__':
    app.run_server(debug=True)

特点：

• 交互式Web应用：用户可以在线查看和分析数据。
• 实时更新：支持实时数据的动态展示，适用于动态监控场景。

涟漪图的优势与局限

优势

1. 直观性强：通过视觉元素迅速传达地理分布信息，使复杂的数据易于理解。
2. 空间关联性：展示数据在地理空间上的分布，帮助发现地区间的关联和模式。
3. 便于比较：圆形的大小或颜色直观地比较不同地区的数据差异，识别高低趋势。
4. 灵活性高：结合多种数据维度，增强数据表达的丰富性。
5. 互动性：借助现代可视化工具，实现交互式探索，提高数据分析效率。

局限

1. 数据重叠问题：在数据密集区域，圆形可能会相互覆盖，导致信息丢失或误解。
2. 环境依赖性：涟漪图适用于大范围地理数据展示，对于小范围或高精细数据效果有限。
3. 视觉误导：圆形大小的感知容易受到视觉比例的影响，需谨慎设置比例关系，避免数据解读偏差。
4. 技术要求：高质量涟漪图的制作需要一定的编程和数据处理能力，对非专业人员存在门槛。
5. 动态性限制：静态涟漪图无法实时反映数据变化，需要结合其他技术实现动态展示。

未来发展与应用前景

随着大数据、人工智能和云计算技术的快速发展，涟漪图在医学领域的应用前景十分广阔。

1. 实时监控与预警

通过结合实时数据流，涟漪图可以用于疾病的实时监控与预警。例如，在疫情防控中，基于实时病例数据的涟漪图能够即时展示疫情的蔓延趋势，辅助决策者迅速采取防控措施，有效遏制疫情扩散。

2. 深度数据分析

通过整合更多维度的数据，如人口密度、经济水平、交通网络等，涟漪图可以进行更深层次的分析，揭示医疗资源分布背后的复杂因素，为政策制定提供科学依据。

3. 高级可视化技术融合

随着虚拟现实（VR）和增强现实（AR）技术的发展，涟漪图的表现形式将更加丰富和立体，用户体验将得到进一步提升。通过沉浸式的可视化体验，医务人员和研究人员可以更直观地理解复杂数据，提升分析和决策效率。

4. 跨领域应用

涟漪图不仅限于医疗领域，还可以广泛应用于公共卫生管理、医疗教育、健康研究等多个领域。例如，在公共卫生管理中，涟漪图可以用于展示疫苗接种率分布；在医疗教育中，可以用于展示各地区医疗资源与教育资源的关系。

结语

涟漪图作为一种直观、有效的可视化工具，在医学数据分析与决策中展现出巨大潜力。通过清晰呈现地理分布、突出数据集中区域以及便于比较地区差异，涟漪图不仅提升了数据的可理解性，也为医疗资源规划、疾病监测与防控以及医学研究提供了重要支持。

尽管存在一定的局限性，但随着技术的不断进步，涟漪图将在医学可视化领域发挥越来越重要的作用。未来，涟漪图将与更多先进技术融合，为医学研究和公共健康管理带来更加精准和高效的解决方案。通过不断优化和创新，涟漪图必将成为医学数据可视化不可或缺的重要工具，助力医疗事业的持续发展与进步。

参考资源

• GeoPandas Documentation
• Matplotlib Documentation
• Contextily Documentation
• Plotly Express Documentation
• Dash Documentation
• 数据可视化实践指南