【Dpabi】QC板块应用的初步学习

打开MATLAB，输入dpabi，进入dpabi界面，找到quality control并点击

这是直接打开qc的初始界面

1、working directory ： 文件所在路径，即包含FunImg、T1Img、头动信息、normalize信息等的文件夹

2、directory name to get ID ： 获取subject list的文件夹，可以是任意的一个包含subject信息的文件夹

3、load subject list ： 可以上传已有的subject list，先点击右上角user-defined中的Manually，再点击左下角Load Subject List，Load已有的subject名单

4、QC：Raw T1 ： 点击“QC：Raw T1”，会出现如图所示画面，依据之前预处理时处理人（自己）给每个T1的打分情况，显示每个subject的T1评分【可以在working directory -> QC -> RawT1Img.tsv（用Excel打开）中修改和查看】

5、View ： 可以使用dpabi view查看每个T1的图像，修改评分【这里很奇怪的一点是，明明写的Raw T1，但只有working directory中包含T1 Img才能查看】

6、QC：Raw Fun ： 同上但view只需要FunRaw的文件，评分可以在working directory -> QC -> RawFunImg.tsv（用Excel打开）中修改和查看

7、QC：Normalization ： 点击“QC：Normalization”会出现如下界面，看边界配的怎么样，依据显示结果打分
【注意：这里如果再次点击“QC：Normalization”，会出现和“QC：Raw T1”类似的评分界面，选择任意一个subject点击view，会再次出现如上图评分时的界面，可以修改该图像的评分，但如果在这里修改的话，之后“Threshold QC Score”会报错，说矩阵元素数不相同，因为它会再原来评分表的下面新生成一行新评分，也就是该subject的评分会有两个，所以推荐直接用Excel打开tsv，在tsv里修改】

8、Threshold QC Score ：点击“Threshold QC Score”，会出现如图9所示页面

9、Threshold QC Score显示面板 ： 勾选要使用的排除评分，注意这里的评分是>=，即如图所示排除的是1和2评分的图像

10、Generate Group Masks ： 点击出现“Set percentage”界面，根据每个被试的AutoMask（working directory -> Masks -> AutoMasks -> wAutoMask(配到标准空间的)）输入percentage，这里的90意思是设定一个阈值，要求90%的被试都cover到了这个voxel，这个voxel才进入到GroupMask，在working directory\Masks\GroupMask\GroupMask90Percent.nii可以查看

11、Threshold Coverage ： 将被试与GroupMask进行比较，如果匹配的特别不好就排掉。点击“Threshold Coverage”，选择刚刚的“GroupMask90Percent.nii”文件，输入阈值，例如与GroupMask匹配小于90%的被试就排掉

12、Motion Report ： 点击“Motion Report”可以看到类似T1的MeanFD数值界面（左上），任选一个Subject点击“view”会出现该被试的头动图像（左下）

13、Threshold Motion ： 根据MeanFD排除头动大的被试，常用0.2，如果排除的被试过多可以使用均值（Mean FD Jenkinson）加2倍SD当做阈值

14、Save Subject List ： 最后在上述步骤都完成的情况下，可以使用Save Subject List来保存所有保存的被试名单，在working directory路径下会生成SubjectList的txt文件方便查看