最初的启发来自平台搭建2:ubuntu12.04下安装freesurfer_木子山石的学习笔记-CSDN博客(https://blog.csdn.net/huiyuanliyan/article/details/51526782),他在文章最后提出了这个问题和权限有关,freesurfer官方建议安装在/usr/local/freesurfer目录下,但我们的权限都是不root,他建议我们把freesurfer安装到home目录下。
我看完他的答案后觉得有一定的道理,因为我在/usr/local/freesurfer下使用最基本的cp mv等指令都会出现permission denied,每次我都需要sudo,所以我觉得他说得有道理,按照他的提示,我把整个freesurfer文件夹移动到(或者重新安装)到了我的/home/目录和desktop同级的目录里,但是再次执行mri_convert sample-001.mgz sample-001.nii.gz 这个指令的时候还是提示error: niiWrite(): error opening file tryone.nii.gz ERROR: failure writing tryone.nii.gz。我回到他帖子下的评论里看到也有其他同学和我一样,移动了目录还是没有解决这个问题。
最后发现不是简单的把freesufer安装到home的目录下就行,而是要把freesurfer中的变量环境都要重新定义一遍,并且在此之前,我先进入了root模式,下面就具体操作一下