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原创 MRtrix3安装报错2则:Checking for Qt: ERROR: error linking Qt application!

于是去github看了一下,发现很多人在提这个bug,现在还没有一个ubuntu下很好的解决方案(果断放弃)于是我选择源码编译的方法重新安装MRtrix3,但是官网目前找不到了,还好旧教程还在。查了一下,应该是安装的fsl和conda的包之间有冲突了,conda选择了冻结。反正很难解决,我换源,加channel什么的都试了,都没办法解决,我还是太菜了。当时看到一篇博文遇到一样的问题,可是怎么解决说的语焉不详,试了一下直接终端。参考这个步骤,如果你很顺畅的跑下来了,那么祝贺你下面不用看了。

2023-12-22 17:10:28 567

原创 ANTs安装报错:ccmake NIFTI_SYSTEM_MATH_LIB (ADVANCED)相关[CMakeFiles/Makefile2:105:CMakeFiles/ITKv5.解决方法

中间编译的时候我没有SuperBuild_ANTS_USE_GIT_PROTOCOL选项,一开始有点慌,但是作者说这个是与github有关的,我想了下我的网还挺稳定的不担心编译失败就没管(没有的朋友可以按t然后向下找一下,我是真没有,有的纯粹是放后面了)直到我看到一个资料上说ccmake版本更新问题导致他编译报错,联想到我以前安装ANTs并没有出这个问题,因为我以前ccmake是直接指令下载版本都很旧,这次则是被某教程误导去网站上下载了最新的ccmake,故我开始怀疑是版本问题(大坑!

2023-10-23 20:29:46 187 3

原创 freesurfer | 共享库安装/链接问题:error while loading shared libraries: libquadmath.so.0

该方案能解决大部分共享库安装问题。首先检查库的文件是不是真的存在,libquadmath.so.0(没有locate就按照报错提示安装 sudo apt-get xxx)

2023-06-21 15:17:19 542

原创 Randomise跑统计分析报错:ERROR: Program faileddesign.mat is not a valid vest file

查了一下,发现问题在于自己写的design.mat文本和design.con文本并没有被randomise识别。design matrix和contrast都按照randomise官网要求设置,但还是报错。把自己的文本名设为 design.txt,然后转格式。做完TBSS用randomis跑统计分析。contrast同理。

2023-03-27 20:40:25 291 6

原创 Gretna计算网络指标操作

gretna计算网络属性

2023-03-10 10:30:30 4266 17

原创 一张图带你看完图论第八章(包含全部考点,含定义、定理、公式、推导证明和所有例题)

包含第八章所有考点,没写就是不考~

2023-03-02 10:40:24 197

原创 一张图带你看完图论第七章(包含全部考点,含定义、定理、公式、推导证明和所有例题)

包含第七章所有考点,没写就是不考~

2023-03-02 10:35:47 437

原创 一张图带你看完图论第六章(包含全部考点,含定义、定理、公式、推导证明和所有例题)

包含第六章全部考点,没写就是不考~

2023-03-02 10:34:32 474

原创 一张图带你看完图论第五章(包含全部考点,含定义、定理、公式、推导证明和所有例题)

包含第五章全部考点,没写就是不考~

2023-03-02 10:31:10 702

原创 一张图带你看完图论第四章(包含全部考点,含定义、定理、公式、推导证明和所有例题)

包含第四章所有考点,没提到的就是不考~~

2023-02-28 21:51:40 554

原创 虚拟机扩展根目录下空间+cp: 无法创建符号链接

调整时只能对相邻磁盘扩容,所以未分配空间与根目录磁盘之间如果有其他磁盘,需要先删除再复原,具体细节见开头链接。①关闭虚拟机(关之前先删点东西,确保图形界面能打开,或者cp到共享文档再删)然后打开调整你根目录所在磁盘的空间就行,调整完点勾勾再重启就ok了。原因是windows系统与linux系统符号链接之间出现冲突。编辑扩展磁盘空间(有快照要先删除才能扩展)②打开虚拟机下载gparted。2.cp: 无法创建符号链接。1.虚拟机扩展根目录空间。

2022-11-28 11:32:17 885

原创 ubuntu20.04 报错:This application failed to start because no Qt platform plugin could be initialized.

我是在用freeview的时候出现这个问题,freesurfer正常但是freeview打不开。查了一下是因为freeview中调用的python依赖qt,但是qt没装好。2.再运行freeview,这个时候会详细报告缺少哪些库。1.先sudo gedit ~/.bashrc。其他类似的依赖于qt的命令也可以参考这个。然后保存,source一下配置文件。3.再freeview就可以打开了。打开配置文件,在后面加一行。

2022-09-11 21:07:30 3714 4

原创 Fixel-based analysis步骤翻译+实战-计算纤维束密度、纤维束横截面积

纤维束微观结构分析

2022-08-10 19:40:57 59

原创 freesurfer | 报错:转移处理结果的文件夹到共享文件夹cp: cannot create symbolic link XXX Operation not permitted

参考来自:cp: cannot create symbolic link XXX Operation not permitted_light1028的博客-CSDN博客1.没有权限此处已经保证包括的源和目的地,都是由权限操作的,排除此原因。2.目标文件系统不支持符号链接即,源文件夹是 /usr/src/blackfin/ADI_release/kernel/2007R1/carifan_Bfin_425,属于/目录下面,对应的是ext3,因此本身是支持符号链接的,而目标文件夹是 /mnt/linuxdev/

2022-06-14 17:17:26 453

原创 freesurfer | 报错1:corRead(): can‘t open file /mnt/hgfs/MRtrix_demos/MRtrix_demo/sub-cIIIs01/COR-.info

原因:nii.gz的文件名出现一定问题,目前还不太清楚解决方法:重命名T1像,最好简短一点,就能跑起来了报错2:ln: failed to create symbolic link 'lh.white.H': Operation not supported详情:生成的被试文件夹中,states里面没有内容原因:用的虚拟机,把处理的T1像放在了共享文件夹,有些操作无法执行解决方法:把T1像放在了linux系统下,然后把生成的数据传递给windowscp /原始路径/ /目标路径/...

2022-06-14 12:00:06 294

原创 ANTS | 报错:Could not find ANTS program N4BiasFieldCorrection; please check installation

原因:ANTs的环境变量没有配置好主页面直接ctrl+h 可以看到隐藏文件修改.bashrc保存以后终端输入再重新输入命令,就可以了*如果还是报错,考虑下bin目录里的内容是否完整。参考安装ANTS的部分(踩坑向+靠谱安装贴记录)ubuntu20.04安装freesurfer、FSL、ANTs、MRtrix,虚拟机_皎皎如月明的博客-CSDN博客......

2022-06-14 11:52:03 519

原创 (踩坑向+靠谱安装贴记录)ubuntu20.04安装freesurfer、FSL、ANTs、MRtrix,虚拟机

努力将电脑究极进化成医学图像处理装备机(*^▽^*)

2022-06-12 15:44:48 3452 14

原创 一张图带你看完图论第三章(包含定义、定理、公式、推导证明和例题)

包含第三章所有考点,没提到就是不考~割边 定义:去掉后连通分支数增加,且一定加一 ω(G-e)>ω(G) 若G连通,则删去割边e后不连通 非平凡树每条边均为割边 判定:e是割边 当且仅当 e不在任何圈中非割边一定在圈中,割边一定不在圈中 因结论若在G的含e的连通分支中成立,则必在G中成立,所以我们不妨假定G连通证:1.必要性 设e=uv是图G的割边,若e含在圈C中,令P=C-e 易知P是G-e中一...

2022-05-24 21:50:12 4577 1

原创 一张图带你看完图论第二章(包含定义、定理、公式、推导证明和例题)

包含第二章全部考点~没提到就是不考~树的定义 连通的无圈图 无圈图称为森林 树与森林都是简单图(非简单一定有圈-自环、重边) 都是偶图(无奇圈) 森林(n,m)里有K颗树,则m=n-k 森林里k对奇点--k条边不重的路,G的边集是这些路的并 归纳法证明 树的描述 树叶:度数=1分支点:度数>1 非平凡树至少有两片叶子 中心 点v离心率e(v) 从v出发最...

2022-05-23 18:40:05 2151

原创 一张图带你看完图论第一章(包含定义、定理、公式、推导证明和例题)

1.1 图的基本描述 几种特殊图 有限图 复合图 简单图(无环无重边) 完全图 Kn 边数最多的简单图 同构下 唯一 边数Cn2=n(n-1)/2 补图 H 完全图-原图 把原图不相邻的点全部连起来,擦掉原图就是补图) 自补图 G与H同构 判定:顶点数为4的倍数或除4余1 证判定:同构=边数相同, G、H边数和为完全图边数=n(n-1)...

2022-05-23 12:33:54 4351 5

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