win10和Mac上安装Freesurfer

接连在Mac和win10上面安装了Freesurfer，中间碰到了不少问题（我只怕电脑被我玩坏了），回顾一下发现其实也挺简单，趁我还能记得的时候赶紧记录一下安装过程，也希望大家能少走点弯路～

Mac安装Freesurfer

软件下载地址

可以根据官方给出的demo视频一步一步下载

Mac上安装Freesurfer比较方便，直接下载dmg文件安装即可，注意安装之后可以按照官网提示在Terminal（终端）里面完成相关配置（有很多freesurfer的功能需要通过命令行实现)，还有就是使用freesurfer需要一个license，官网注册就能申请，会发送附件到注册邮箱，下载附件license并把它放到freesurfer的安装文件夹下面

Mac配置官方指南
注意以下操作需要在bash环境进行 如何在mac下切换bash和zsh

$ export FREESURFER_HOME=/Applications/freesurfer/7.1.0 %这一步是指明freesurfer所在位置，如果安装的时候没有改变安装地址，一般都是在这个路径下，注意最后的版本号，根据自己安装的版本更改
$ source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh %这一步是启动script配置freesurfer（不慌，这个是官方写好的，按照路径配置就可以了）
$ export SUBJECTS_DIR=$FREESURFER_HOME/subjects  %指明subject的位置，我只用到了mri_convert，但是发现用官方给的路径没办法运行，可能是没有权限随意更改freesurfer文件夹，所以后面我用了其他自定义的位置才成功

之后就可以使用命令行操作freesurfer了，官方示例：

win10上面运行Freesurfer

freesurfer需要在Linux系统上运行，如果直接有安装linux的服务器或者电脑就可以参考类似于mac的安装方法，但是如果只有win10的话也可以借助ubuntu实现，过程稍稍有些复杂

1. WSL&Xming
   官网给出的win10的安装指南
   可以根据这个配置好WSL并完成xming的安装,另外还有两篇博客写得也不错
   Windows10内置Linux子系统初体验
   WSL for win10
   （第二个链接里面的WSL2我没有配置成功，最后还是用了WSL1）

2. Ubuntu
   直接在软件商店里面搜索Ubuntu，下载安装18.04（20.04太高了，目前freesurfer好像还不支持）

3. 安装xfce

sudo apt update
sudo apt upgrade
sudo apt-get install xfce4
xfce4-session

之后报错了。。。

我在 https://github.com/Microsoft/WSL/issues/1800 上面找到了解决办法

解决方法如下：
打开xlaunch，注意以下配置

其他的默认就好，之后在ubuntu的命令行中输入

export DISPLAY=:0.0
startxfce4

即可运行xfce界面

4. 安装Freesurfer
   配置过程和mac的差不多，就是要注意一下路径问题，也可以参考下面的这篇博客
   FreeSurfer和FSL的安装和使用

欢迎大家积极讨论～