使用freesurfer进行海马亚区分割学习笔记

已于 2022-07-20 21:03:55 修改
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分类专栏： 磁共振数据处理笔记 文章标签： mac
于 2022-04-02 00:46:23 首次发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_52073820/article/details/123910685
版权
本文档记录了在macOS 12.3上使用freesurfer 7.2.0进行海马亚区分割的详细步骤，包括安装freesurfer、设置环境变量、获取license、安装runtime以及执行recon-all和海马亚区分割。通过批处理脚本处理nii文件，并使用freeview进行可视化，最后提取体积数据。
摘要由CSDN通过智能技术生成

前言
freesurfer是一个强大的结构像数据处理软件，除了可以分割皮层之外，还可以进行海马、杏仁核和岛叶等区域的进行亚区的分割，因此这几天学习了一下如何进行海马亚区分割，特记录下来以便今后查看
macOS系统：12.3 Monterey
fresssurfer版本：7.2.0
freesurfer官网：freesufer-fswik//HippocampalSubfieldsAndNucleiOfAmygdalai

一、安装freesurfer

目前最新版本为7.2.0，我安装的就是这个版本
打开freesurfer官网，上面有详细的安装步骤指导，还有视频
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
下载PKG安装包，文件比较大，

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长腿猴子请来的救兵
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freesurfer-海马/杏仁核亚区体积分割
xxx
09-16 1439
海马/杏仁核亚区体积
利用freesurfer6进行海马分割的环境配置和步骤，以及获取海马体积
从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
10-06 1441
一些 freesurfer 模块，例如 fsfast 和子场/核分割工具，需要 matlab 运行时包 (MCR)。MCR 允许用户运行分布式 matlab 编译的程序，而无需支付 matlab 许可证费用。freesurfer 命令 fs_install_mcr 可用于安装此软件包。MCR版本要求如下。注意如果安装不成功，请切换到 root 用户下。
freesurfer海马亚区的分割
weixin_51192938的博客
09-19 1232
freesurfer
基于表面形态的海马亚区分割
cc1609130201的博客
09-28 2142
人类海马由折叠的旧皮质层组成，其亚区包含独特的细胞成分。但由于广泛存在的个体差异，如何将MRI采集的海马图像进行亚区分割，并与根据组织学定义的亚区图谱保持一致是一项具有挑战性的工作。基于表面的海马亚区分割方法允许不同个体之间进行对齐，或从个体“映射”到根据组织学定义的拓扑同源组织参照物上进行对齐。与手动分割或基于配准的方法相比，基于表面的方法为海马亚区分割提供了新的生物学有效约束，并且不受手动分割方法的一些技术限制，例如平面外采样（也就是分割超出了亚区的真实范围）。这种方法还特别适合应用于高分辨率MRI成像
基于FreeSurfer的海马亚区分割
cc1609130201的博客
06-08 1775
结构性海马异常在许多神经和精神疾病中很常见，海马测量的变化与认知表现和其他复杂表型（如应激敏感性）有关。随着可用于映射和体积定量的自动化算法的出现，海马亚区域得到了越来越多的研究。在通过ENIGMA联盟的努力下，一些疾病工作组正在使用FreeSurfer软件来分析患有神经和精神病症的患者及匹配对照组的海马亚区域（亚区）体积。在这个概述中，我们解释了算法的原理，总结了测量可靠性研究，并用示例数据演示了两个附加方面（亚区自相关和体积/可靠性相关性）。然后，我们解释了为改进管道协同而对海马亚区分割质量控制（QC）
关于Freesurfer6.0海马体的分割环境以及步骤
qq_44748946的博客
03-16 3333
利用freesurfer6.0进行海马分割的步骤（亲测有效）： 在/usr/local/freesurfer路径下解压MatlabRuntime压缩包并把license.txt文件复制在该路径下 tar zxvf MatlabRuntime.gz 1，文件夹的命名规则： 要在/usr/local/freesurfer/subject/建立一个文件夹/mri/orig/*.mgz文件 SUBJECTS_DIR=/media/clm/Data/chen_hippocampus_segment/control
fsl左右海马体分割+freesurfer合并
九久的博客
04-27 2976
文章目录背景bash直接运行python+nipype实现 背景 需要分割出海马体。可借鉴方法：深度学习（UNet分割），形态学上的开闭，fsl中的分割。 使用fsl种的分割时需要注意，fsl分割分为左海马和右海马 方法：使用fsl中的first命令进行分割。 先在终端输入first查看需要输入的参数： 可以看到-i 要从哪个文件进行提取， -k输出分割文件名称，-m 分割的标准文件（*.bmv），-l 做flirt时的变换矩阵。 关于*.bmv文件：fsl自带的，在fsl安装目录data/first下面
FreeSurfer
lxqlxq21的专栏
08-04 1303
1.Brain volume aparcstats2table –subjects *h.aparc.stats(Freesurfer 文件夹下stats文件，注意文件名只能取这个，否则找不到文件)
freesurfer进行海马海马亚区分割
AliceMeng20的博客
08-21 65
少数freesurfer模块需要使用matlab runtime package（MCR），可以不用安装matlab，使用freesurfer指令fs_install_mcr安装MCR就可以。但是我这里显示没有segmentHA_T1.sh指令，我使用了freesurfer官网提供的一个分割方法。对于freesurfer7，需要安装 MCR 8.4 (R2014b)，运行。对于freesurfer6，需要安装 MCR 8.0(R2012b) ，运行。考虑到参考目录的问题，可以运行指令，指定运行目录。
使用freesurfer来划分脑区
12-08
有关脑区划分的文章，使用该文章可以为我们提供很好的思路
win10和Mac上安装Freesurfer
Daily_365的博客
11-07 4828
Mac安装Freesurfer 软件下载地址 可以根据官方给出的demo视频一步一步下载
Freesurfer的简单使用和一些基础知识
lh16130130282的博客
05-15 9771
Freesurfer的一些简单使用和基础知识
freesurfer全过程梳理
weixin_44492471的博客
03-13 2688
free surfer这一软件要解决的问题是，在3D体素空间，有些体素同时包含了两个或者两个以上的成分。例如同时包含灰质和白质，我们无法确定哪一个成分的贡献更大。为了解决这一问题，freesurfer采取的解决方案是将3D空间转化为2D表面积空间，划分灰质和白质的边界。freesurfer的核心命令是recon-all，今天我们来详细了解一下这一命令实现了哪些操作-----recon-all是一个重建表面积的过程，包含了freesurfer的全部预处理过程。
FreeSurfer汉化教程
The_best_man的博客
03-20 4713
FreeSurfer 介绍Tutorial Data 下载以及安装 安装 安装Tutorial Datasets 从教程数据，创建文件tutorial_data在自己的工作路径中。 curl https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/data/tutorial_data.tar.gz -o tutorial_data.tar.gz tar -xzvf tuto...
FreeSurfer和FSL的安装和使用（脑部图像去除头骨+对图像和label同时进行仿射对齐）教程
zuzhiang的博客
07-24 2万+
FreeSurfer当前只支持Linux系统和Mac OS。我所使用的系统是Ubuntu 16 .0.4，FreeSurfer的安装耗时较小，但是在处理时耗时较长，可能需要数个小时，甚至一天，这个取决于机器性能，但是和GPU好像没太大关系。下面先给出总的安装步骤，然后单独给出详细的安装步骤。 首先给出几个我参考的文章： FreeSurfer-Introduction FSL/FreeSurfer安装教程 FreeSurfer使用手册 使用Voxelmorph配准IXI：数据预处理之颅骨去除及仿射对齐 其
Freesurfer简介及学习推荐
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u012570044的博客
03-15 2万+
Freesurfer是用于MRI图像处理和分析的一款开源软件，可以进行多种模态数据的预处理、皮层重建、volume与surface的互相 之间的配准等。Freesurfer许多功能都可以利用软件包中集成好的pipeline来实现，可以参考官网进行了解，也可以调用一些单独的命令来实现自己的需求，比如查看.mgz/.nii.gz等格式文件的信息时用到的mri_info等。具体介...
nginx-1.24.0.tar
最新发布
09-06
Nginx 1.24.0 是 Nginx 开源项目发布的一个重要更新版本，该版本在性能优化、功能增强以及安全性提升方面带来了诸多改进。当您下载 Nginx 1.24.0 的压缩包时，您将获得一个包含 Nginx 源代码的压缩文件，通常命名为 nginx-1.24.0.tar.gz（对于 GNU/Linux 和 macOS 系统）或类似的格式，具体取决于发布平台。 这个压缩包包含了编译 Nginx 服务器所需的所有源代码文件、配置文件模板（如 nginx.conf）、模块源码以及构建和安装说明。通过解压这个压缩包，您可以在支持 C 语言编译器的操作系统上编译并安装 Nginx 1.24.0。 Nginx 1.24.0 引入了一系列新特性和优化，可能包括但不限于对 HTTP/2 和 HTTP/3 协议的进一步支持、性能提升、新的模块或模块更新，以及对已知安全漏洞的修复。这使得 Nginx 能够在保持其作为高性能 HTTP 和反向代理服务器的声誉的同时，继续满足不断发展的网络需求。
海马亚区freesurfer分割教程
11-23
海马亚区freesurfer分割教程是一种用于对海马亚区进行分割的方法。freesurfer是一种常用的脑部结构分析软件，可以用于脑部结构的自动分割和定量化。 首先，使用freesurfer对脑部MRI图像进行预处理。这包括图像去噪、矫正和配准等步骤，以确保图像质量。 接下来，使用freesurfer的自动分割算法对海马亚区进行分割。freesurfer使用基于统计模型和形状模型的算法，能够准确地分割出海马亚区。 分割完成后，使用freesurfer对分割结果进行可视化和检查。可以通过查看多个切面和不同角度的图像，来检查分割结果的准确性。 此外，为了提高海马亚区分割的准确性，还可以使用手动编辑的方式。在freesurfer的分割结果上，可以进行手动操作，根据专业知识和经验进行调整和修正。 最后，评估海马亚区的分割结果。可以使用不同的度量指标，如体积、形状和位置等，来评估分割结果的准确性。 总的来说，海马亚区freesurfer分割教程提供了一种自动化的方法，能够准确地对海马亚区进行分割。这种方法不仅节省了时间和人力成本，还提高了分割的准确性和一致性。但需要注意的是，分割结果还需要进行检查和修正，以确保最终结果的准确性。
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