平台搭建2：ubuntu12.04下安装freesurfer

ubuntu12.04下安装freesurfer

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###什么是freesurfer

FreeSurfer是美国MIT Health Sciences&Technology和Massachusetts General Hospital共同开发的磁共振数据处理软件。该软件是一款用于分析脑神经数据的工具集合，它提供了一系列的算法来量化人脑的功能、连接以及结构属性，能对高分辨率的磁共振图像进行三维重建，生成展平或胀平图像，并能得到皮质厚度、面积、灰质容积等解剖参数。

###安装freesurfer

####1.virtualbox下的ubuntu12.04（AMD64）系统的安装。这一部分如有疑问请访问上一篇文章“平台搭建”。
####2.freesurfer安装包准备，需要的材料如下

当然，这里边隐藏了一个文件，“.licence”，这个文件需要到freesurfer的官网上注册之后，官方会发邮件给你，把邮件里的内容新建一个文件复制进去就行了。
安装包下载和注册地址 https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html
####3.安装包拷贝到 /usr/local

红线是你当前存放安装包的文件，在命令框中cd到这个路径就可以；黄色是安装包的名字；绿色是目标地址；在红色路径下执行代码：

sudo cp 安装包名字 /usr/local 

由于文件比较大，需要等一会，一般不会出错。
####4.解压安装包
cd到local文件夹，使用如下

 sudo  tar -zxvf /usr/local/freesurfer的.gz文件名

这里千万要注意！！！！！，你的解压缩的位置一定要保证有足够大的空间，不然就准备重复这个步骤吧

####5.安装
通常不能直接安装，所以记得下载上边文件夹里的另外一个tsch开头的文件。把他复制到桌面，命令行cd到桌面，执行：sudo dpkg -i 文件名 ，如无报错，继续

sudo dpkg -i  tcsh_6.14.00-2_amd64.deb

在命令栏中为桌面路径下输入

sudo gedit  /etc/profile

在所打开文件的最后一行 输入：
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
在命令栏中为桌面路径下输入

sudo gedit  /etc/bash.bashrc

在所打开的文件中输入
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
保存，log out一下

###2016.7.2日，继续教程
经过上边的步骤，如果成功了，你每次打开命令窗时，都会出现好几行代码，对freesurfer的配置进行提示，包括FREESURFER_HOME等信息。

现在运行qdec，会出现没有找到license文件，这个需要你在网上注册后会发给你一个三行的代码，复制到文本文档并命名.license，注意，在改名称之后.license文件会隐藏，你只需要记得它在哪个文件夹下就可以了。

sudo cp .license文件的路径 /usr/local/freesurfer

就可以将.license文件复制到/usr/local/freesurfer下。

在完成了上述步骤之后，需要继续安装还需要准备两个文件

没有这两个文件的话，qdec无法启动，这两个文件我是直接被师兄给的，网上不知道搜不搜的到，如果搜不到可以在下面留言，我会给大家传一下。

这时在命令行中输入qdec会出现没有libxss.so.1…这个目录，这时候需要这么做

把上述两个文件都放在桌面上，首先键入如下代码：

sudo cp  /home/administrator/Desktop/libXss.so.1.0.0 /usr/lib/x86_64-linux-gnu

然后键入

sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXss.so.1.0.0  /usr/lib/libXss.so.1

然后在命令行中再次输入qdec，会出现没有 libjpeg.xx（这个xx可能是不一样的，你需要记住他的名字），键入：

sudo cp  /home/administrator/Desktop/ libjpeg.so.8.0.2 /usr/lib/x86_64-linux-gnu

然后键入：

sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/ libjpeg.so.8.0.2  /usr/lib/（上边那个ligjpeg.xx的名字）

ok，这时候基本大功告成，输入qdec，如果出现了类似windows下的用户界面

到这里安装基本就完成了，freesurfer官网给出了两个用来测试是否安装成功的用例，第一个代码如下：

 cd $FREESURFER_HOME/subjects
 mri_convert sample-001.mgz sample-001.nii.gz

上述两行代码分别键入，如果得到的是如下代码

reading from sample-001.mgz...
TR=7.25, TE=3.22, TI=600.00, flip angle=7.00
i_ras = (-0, -1, -0)
j_ras = (-0, 0, -1)
k_ras = (-1, 0, 0)
writing to sample-001.nii.gz...

没问题，但是有的时候writing会报错，引出了本文的一个大问题！！！！！

##这里必须要说明一点，linux下的权限控制是非常严格的，基本上你放进usr/local 里的软件你没有权利在里边进行任何写的操作，所以建议把usr/local下边的freesurfer文件夹拷贝到home目录下面，这个目录下可以各种操作，其实freesurfer官方是建议安装到usr/local下的，但是我吃亏了。。。所以建议非linux大神，还是省事一些，放在home下边，跟desktop并列的目录下。然后你需要将 /etc/profile 中最后添加的那一行位置信息做相应的更改。log out

这时候在进行操作基本就没有问题了，第二个用例也可以完美运行，键入

 cd $FREESURFER_HOME/subjects

然后键入

    freeview -v \
    bert/mri/T1.mgz \
    bert/mri/wm.mgz \
    bert/mri/brainmask.mgz \
    bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \
    -f \
    bert/surf/lh.white:edgecolor=blue \
    bert/surf/lh.pial:edgecolor=red \
    bert/surf/rh.white:edgecolor=blue \
    bert/surf/rh.pial:edgecolor=red

这里要对linux小白说一下，这个斜杠“\”的意思是，这几行代码是一块的，等我敲完了你系统再执行，ok，如果出现如下界面，大功告成

###后续的文章可能有关于freesurfer的一些操作，这些操作在网上不大好找，希望大家持续关注，我在中间也碰到了很多问题。

###如有任何问题请留言或发送邮件到：Lifeliyan@163.com

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帖子发布以来很多朋友发邮件问我要两个文件，我因个人原因不能经常回复，我在CSDN上传了资源，但是正在审核，回头链接发到帖子里，大家稍等
https://download.csdn.net/download/huiyuanliyan/11003708
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