GPL6466芯片平台的ID转换及数据挖掘

最新推荐文章于 2024-04-28 14:10:06 发布

圣杯之旅 P.Z. Gao

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文章标签：数据挖掘 r语言数据分析生物信息学

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_61606680/article/details/121867423

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本文介绍了如何处理GPL6466芯片数据，使用R语言的clusterProfiler包进行ID转换，涉及数据预处理、ID转换、PCA分析、聚类和富集分析。但遇到差异基因寻找的问题，目前尚未解决。

摘要由CSDN通过智能技术生成

今天因为需要，做了一个GPL6466平台的芯片数据处理。没找到R包，用clusterProfiler包做了ID转换。

首先是下载矩阵，读入，数据预处理

#装载R包和函数
if(!requireNamespace("BioManager",quietly = T))
 install.packages("BiocManager",lib="D:\\Program Files\\package")
BiocManager::install("GEOquery",destdir="")
library(GEOquery)

#提取表达矩阵
gset<-getGEO("GSE17979",destdir=".", 
             AnnotGPL = T,
             getGPL=F)
注意这里没下载GPL文件
#?getGEO()
View(gset)#打开gest
gset[["GSE17979_series_matrix.txt.gz"]] #查看gset基本信息
ExpressionSet #了解表达情况
#读入表达矩阵
exprset <- data.frame(exprs(gset[[1]]))
exprset <- exprset[,-c(11:20)]
#或使用 read.table读入表达矩阵
class(exprset)
str(exprset)
gset[[1]]

#####数据质量检查#####
BiocManager::install()      #下载ggplot2和dplyr
library(ggplot2)
library(dplyr)
install.packages("")       #下载reshape2
library(reshape2)             
ex=gset[[1]]     #读取gset的第一列数据，查