ADNI数据集使用python批量将nii.gz文件转为.png

import os
import nibabel as nib
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

def convert_nii_to_png(input_folder, output_folder):
    # 检查输出文件夹是否存在，如果不存在则创建
    if not os.path.exists(output_folder):
        os.makedirs(output_folder)

    # 遍历输入文件夹中的所有.nii.gz文件
    for filename in os.listdir(input_folder):
        if filename.endswith(".nii.gz"):
            filepath = os.path.join(input_folder, filename)
            
            # 使用NiBabel加载.nii.gz文件
            nii_img = nib.load(filepath)
            
            # 将图像数据转换为numpy数组
            img_array = nii_img.get_fdata()
            
            # 对每个切片进行处理
            for i in range(img_array.shape[2]):
                # 获取当前切片
                slice_data = img_array[:, :, i]
                
                # 创建matplotlib图像对象
                plt.imshow(np.rot90(slice_data))  # 对图像进行旋转以正确显示
                
                # 生成输出文件名
                output_filename = os.path.splitext(filename)[0] + f"_slice{i}.png"
                output_filepath = os.path.join(output_folder, output_filename)
                
                # 保存为.png文件
                plt.savefig(output_filepath)
                
                # 清除当前图像以准备下一个切片
                plt.clf()

# 指定输入文件夹和输出文件夹的路径
input_folder = "/home/ybin2023/下载/20227297_uuuMcACkctyxWGyKfKvqSifdh/ADNInii"
output_folder = "/home/ybin2023/下载/20227297_uuuMcACkctyxWGyKfKvqSifdh/px"

# 调用函数进行转换
convert_nii_to_png(input_folder, output_folder)

将input_folder和output_folder替换为实际的文件夹路径ji即可，等待程序运行完毕即可.