将一个文件夹下的nii.gz转为png

nii_2_png

import numpy as np
import os  # 遍历文件夹
import nibabel as nib  # nii格式一般都会用到这个包
import imageio  # 转换成图像

"""
将多个nii文件（保存在一个文件夹下）转换成png图像。
且图像单个文件夹的名称与nii名字相同。
"""


def nii_to_image(niifile):
    filenames = os.listdir(filepath)  # 读取nii文件夹
    slice_trans = []

    for f in filenames:
        # 开始读取nii文件
        img_path = os.path.join(filepath, f)
        img = nib.load(img_path)  # 读取nii
        img_fdata = img.get_fdata()
        fname = f.replace(".nii.gz", "")  # 去掉nii的后缀名
        img_f_path = os.path.join(imgfile, fname)
        # 创建nii对应的图像的文件夹
        if not os.path.exists(img_f_path):
            os.mkdir(img_f_path)  # 新建文件夹

        # 开始转换为图像
        (x, y, z) = img.shape
        for i in range(z):  # z是图像的序列
            silce = img_fdata[i, :, :]  # 选择哪个方向的切片都可以
            imageio.imwrite(os.path.join(img_f_path, "{}.png".format(i)), silce)
            # 保存图像


if __name__ == "__main__":
    filepath = "E:\My_job\CAT_08_nii"   # nii的文件夹
    imgfile = "E:\My_job\CAT_08_png"    # image的文件夹
    nii_to_image(filepath)