序列相似性，一致性，同源定义

一致性，相似性，同源性

序列一致性/同一性

2条序列在同一位点上的 核苷酸/氨基酸残基 完全相同

序列相似性

2条序列间直接的数量关系

同源性

从某一共同祖先经趋异进化而形成的不同序列，推断2个基因在进化上是否具有共同的祖先，是质的判断。

衍生：

趋异进化（Divergent Evolution）是指不同种群或物种由于在不同的环境中进化，导致其形态和功能出现显著差异的过程。它通常发生在一个共同的祖先种群分裂成多个子种群后，这些子种群在不同的生态位中适应，从而逐渐形成不同的特征

如何判断同源？

• 对于蛋白质序列：两条序列的一致性>25%，同源
• 对于核酸序列：两天序列一致性>70%，同源。

全局比对，局部比对，空位比对，无空位比对

全局比对（Global alignment）

两条序列在全长范围内进行比对，通过插入空格的方法，使两条序列具有相同的长度。

局部比对（Local alignment）

两条序列中相似程度最高的部分相比较，它更关注序列内部的形似性，它往往适用于寻找序列内部的一些保守的功能结构或者一些功能位点，如MOTIF的发现。

空位比对（Gapped alignment）

为达到最佳alignment ，序列中加入空位

无空位比对（Ungapped alignment）

相比较序列的核苷酸或氨基酸序列连续