RNA-seq分析，单细胞、空间转录组分析，Conda支持的R及Python环境搭建

少年郎for

已于 2024-10-01 16:12:55 修改

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文章标签： r语言

于 2024-06-17 19:19:01 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_67493988/article/details/139746165

版权

在Linux中的conda环境中创建R环境

conda create -n R_test r-base=4.3 #R_test是环境的名字，可以更改

下载包或者python、pip等工具出现问题时，可做以下排查

conda是否为最新版，如不是，可对conda进行升级：
conda -V #查看conda目前版本
conda update -n base conda #升级conda
镜像代理配置问题，更换一下镜像源地址

在安装R环境做单细胞分析时，会用到Seurat包，Seurat对象的版本V4和V5在处理上会存在很大区别，根据自己的需要酌情安装，此笔记用到的是V4版本

conda是一个管理各类编程语言环境及依赖包的工具，可以隔开各个环境之间的干扰，因为不同的环境涉及到语言及依赖包的版本等问题，conda会更方便工作，也便利于安装各种依赖包

conda env list #查看当前conda环境列表，其中base是conda装上就存在的环境
conda activate R_test #进入名叫R_test的conda环境，在此前我们创建了一个R版本为4.3名叫R_test的R环境
conda activate #退出当前所在的conda环境，返回base环境
推荐在conda环境中装上radian ， radian的介绍移步radian官网
两种安装radian的方法
conda install radian
pip install radian

若未安装radian，进入名为R_test的conda环境中可直接用命令R进入R环境
如果安装了radian，则使用命令radian即可进入R环境
radian也是R环境，所以都可以使用命令q()退出当前的R环境，返回conda环境

安装Seurat包

因为安装Seurat包会出现各种各样的错误，所以在这这里介绍几种不同的安装方式

注意！所有的https链接都要自己现在网页上看看还能不能进去，比如mirrors.tuna,tsinghua这个清华镜像源下的cloud文件夹下的conda-forge在此文档更新时2024.09.30，已经进不去了，那就要重新再找包含SeuratV4安装包的镜像源

首先直接安装Seurat，此时会装上V5版本的，此步骤仅为安装依赖
install.packages('Seurat')
查看一下当前Seurat的版本
packageVersion('Seurat')
如果是V5，那就删掉V5版本的Seurat
remove.packages(c("Seurat","SeuratObject"))
安装V4版本的Seurat
install.packages('Seurat', repos = c('https://satijalab.r-universe.dev')) 进入R环境后直接通过install.packages命令安装Seurat 4.4.0
在R环境中使用URL链接的方式安装Seurat
packageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Seurat/Seurat_4.4.0.tar.gz" #用变量packageurl存放URL链接
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source") #使用install.packages命令安装

3和4中的链接https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge在2024.09.30已经访问不了，尝试Seurat官网给出的镜像或其他安装方式：Seurat官网安装指南

conda search r-Seurat=4.4.0 -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge 在conda环境中搜索Seurat包
conda install -y r-Seurat=4.4.0 -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge 找到Seurat后，利用conda安装Seurat对象
使用mamba安装，mamba类似于pip工具
conda install -y mamba -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge 现在conda环境中安装mamba工具
mamba search r-Seurat=4.4.0 -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge 在conda环境中使用mamba搜索Seurat包
mamba install -y r-Seurat=4.4.0 -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge 找到Seurat后，利用mamba安装Seurat对象

Seurat官网的安装方式，推荐！

先安装remotes包，这是一个装包所需要的包
install.packages('remotes')
随后通过remotes安装SeuratV4
remotes::install_version("SeuratObject", "4.1.4", repos = c("https://satijalab.r-universe.dev",getOption("repos")))
remotes::install_version("Seurat", "4.4.0", repos = c("https://satijalab.r-universe.dev", getOption("repos")))