进化之自然选择

自然选择中强选择压和进化能力的关系

自然选择是达尔文进化论的核心思想。在自然选择的推动下，生物群体可能逐渐适应环境，提高自身适应性，从而实现进化；也可能被环境淘汰，进而导致灭绝。在自然选择和进化能力的关系上有两派学说：一派认为强选择压会增强生物的进化能力，因为强选择压保留下来的性状适合度很高，在适应环境的前提下，进化能力也会越来越强。也就是一个正向循环，适应性强，被保留，被保留的继续突变成适应性更强的。另一派认为强选择压会有损进化能力。因为选择压会清除一些有害突变，而这些有害突变控制新性状。也就是说没选择的时候所有突变都被保留，这时候的进化能力是最强的，因为进化的方向最多。

直系同源orthology=不同物种中的相同基因 （orthologous genes是speciation物种形成的结果）

旁系同源 paralogy=相同物种中的不同基因 （paralagous genes 是gene duplication的结果 ）

Homology of sequences can be of two types: orthology or paralogy. Homologous sequences are orthologous if they were separated by a speciation event: if a gene exists in a species, and that species diverges into two species, then the copies of this gene in the resulting species are orthologous.

进化是相对于群体而言，个体不行

物种起源有如下两个要点1，改变 ，种群基因频率的变化  2，选择 ，适应环境

分类 系统发育关系

姊妹群 来源于同一个共同祖先

系统发生估计方法：最大简约法 最接近真实系统发生的树是最简单的树

multiple hit 多击    a->g->t

物种分化时间估计 分子钟  氨基酸的替代数量与分化时间成正比。

基因树和物种树的差异，造成的原因：

1、水平基因转移horizontal gene transfer

渐渗也属于，一种谱系的基因传到另一种谱系中

2、不完全的谱系分选 incomplete lineage sorting

基因的多态性