Abagen

最新推荐文章于 2024-08-10 23:14:03 发布

m0_69749945

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文章标签： python linux 深度学习

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在终端输入：

pip install abagen -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple # -i 表示换源；pip相当于就是软件下载工具

以下链接为abagen的使用教程以及对应的文章

User guide — abagen 0.1.3-doc+0.g2aeab5b.dirty documentation

Standardizing workflows in imaging transcriptomics with the abagen toolbox | eLife

VScode使用教程：

1.添加中文包

2.新建工作目录

3.新建文件，以.ipynb结尾

4.选择jupyter内核

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Abagen

以下链接为abagen的使用教程以及对应的文章。3.新建文件，以.ipynb结尾。4.选择jupyter内核。打开powershell。
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一个用于Allen脑图谱基因数据的工具箱|abagen详细使用教程-获取基于脑区的基因表达矩阵（脑区*gene）

qq_38941890的博客

05-12

4708

目前国内外的科研人员，已经有很多将艾伦脑的基因表达数据与神经影像数据结合分析，已经有了不少的成果，然而各个研究小组之间缺乏标准化，导致了很多使用这些数据的处理流程。abagen是一个用于处理转录组数据的开源工具箱，给出了标准化的处理流程，该文章发表在。上，对于想使用艾伦脑图谱数据库而自己又难以对数据进行处理的研究者只使用该工具箱，使用大牛的分析流程，可减少不必要的麻烦（被审稿人质疑）和节约时间成本。通过该工具箱，输入大脑的分区模板，即可得到一个【脑区*基因】的矩阵，具体的代码如下。

如何获取不同分区模板的基因表达矩阵，abagen: Allen 大脑图谱遗传数据工具箱的使用笔记

从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。

05-15

1856

基因表达从根本上塑造了人类大脑的结构和功能结构。像Allen人脑图谱这样的开放获取转录组数据集提供了前所未有的能力来检查这些机制。abagen工具箱，这是一个用于处理转录组学数据的开放获取软件包，并使用它来检查方法可变性如何影响使用Allen人脑图谱的研究结果。

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abagen:用于处理艾伦人脑图谱微阵列表达数据的工具箱

05-02

abagen：艾伦大脑图谱遗传数据的工具箱该软件包提供了一个Python界面，用于获取和使用（AHBA）微阵列表达数据。概述 2013年，艾伦脑科学研究所发布了，该数据集包含从六个人脑收集的微阵列表达数据（Hawrylycz等人，2012）。该数据集提供了前所未有的机会来检查人脑的遗传基础，并且已经产生了对例如和新颖见解。但是，为了在大多数分析中得到有效利用，AHBA微阵列表达数据通常需要（1）折叠到感兴趣的区域（例如包裹或网络）中，以及（2）跨供体组合。尽管这可能看起来微不足道，但这些步骤中有许多分析选择会极大地影响所得数据和任何下游分析。 Arnatkevičiūte等人，2019在中对此进行了彻底的处理，证明了用于准备原始AHBA数据的技术和代码在已发布的报告中有很大的不同。当前的Python软件包abagen旨在提供可重现的工作流，用于处理和准备AHBA微阵列表

大数据处理分析的六大最好工具

09-12

大数据处理分析的六大最好工具，可以浏览一下。

BrainStat：一个用于全脑统计和多模态特征关联的工具箱

悦影科技

02-28

863

神经影像数据分析和解释需要结合多学科的共同努力，不仅依赖于统计方法，而且越来越多地依赖于与其他脑源性特征相关的关联，如基因表达、组织学数据、功能和认知结构。在这里，我们介绍了BrainStat，它是一个工具箱，包括（i）在体素空间和皮层空间的神经影像数据集中的单变量和多变量线性模型，以及（ii）死后基因表达和组织学的空间图谱，基于任务的功能磁共振成像元分析，以及几个常见静息态功能磁共振成像大脑皮层模板在内的多模态特征关联。统计和特征关联结合成一个关键的工具箱简化了分析过程并加速了跨模态研究。工具箱用Pyth

Python库 | abagen-0.0.8.tar.gz

05-11

资源分类：Python库所属语言：Python 资源全名：abagen-0.0.8.tar.gz 资源来源：官方安装方法：https://lanzao.blog.csdn.net/article/details/101784059

genToolboxHelp:为基于HTML的自定义工具箱生成Matlab帮助-matlab开发

05-30

此脚本为自定义工具箱生成 Matlab F1 帮助。它将遍历所选 ToolBoxPath 目录的所有子文件夹，并在每个包含 .m 文件的子文件夹中创建一个 Contents.m 文件。... 程序将继续创建一个分层的“ToolBoxPath\Help\helptoc.xml...

大模型微调工具-torchtune

weixin_40777649的博客

08-08

746

1.定义2.安装3. 案例。

jupyter下载

Einstein·Jun

08-06

691

Anaconda下载参考链接：https://blog.csdn.net/qq_48372575/article/details/125630622 设置Jupyter Notebook的代码路径在“此电脑”中搜索。删除最后一个""后面的的内容，包括“\”。用记事本打开它。按下ctrl+F就可以开始查找。查找内容如下：找到之后，右键该文件，找到“发送到”，找到“桌面快捷方式”。然后就会发现桌面上已经建立好了！

伐木工 (100%用例)D卷 (Java&&Python&&C++&&Node.js&&C语言)

荆赫同艺的博客

08-07

209

一根 4米长的树木，伐木工不需要切割为 2*2，省去切割成本，直接整根树木交易，为 4*1，收益最大为 4。方式二: 3,2,2,3，但方式二，伐木工多切割一次，增加了切割成本却卖了一样的价格，因此并不是最优收益。一根 2 米长的树木，伐木工不切割，为2*1，收益最大为 2。一根5 米长的树木，伐木工切割为 2*3,收益最大为 6。输出最优收益时的各个树木长度，以空格分隔，按升序排列。一根 10 米长的树木，伐木工可以切割。方式一:3,4,4，也可以切割为。

Python 算法交易实验80 QTV200日常推进-目标估算

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yukai08008的博客

08-10

322

业务目标在先，月利3%是第一个目标。虽然日常有在常规推进，但目标是什么？现在做的是什么？与目标的关联是什么？业务上讲，如果月利能够达到3%(几何平均)，上下波动不超过1%，就算达标了(2%~4%)。考虑到金融领域有不可测风险，所以资金还会分摊到3个月。例如，假如总投资资金是30万，那么每个月的最大投资金额是10万。这样即使遇到大跳水，问题也不大。目标达到的话，10万本金每月的盈利是3000，按复利计,24个月就会double，我觉得已经足够理想。假设投资90万，则可以按30万计算复利效果。

NVIDIA-CUDA

qq_41081716的博客

08-08

399

CUDA 是一种强大的并行计算平台，它极大地扩展了 GPU 的用途，使其不仅仅局限于图形处理。通过利用 CUDA，开发人员可以编写高效、高性能的并行应用程序，这些应用程序可以用于各种计算密集型任务。如果您正在从事高性能计算或需要加速计算任务的工作，CUDA 是一个非常有用的工具。

Falsk测试与部署（第九阶段）

蜡笔小新星的博客

08-09

533

在本章节中，我们学习了如何使用unittest和pytest进行单元和集成测试，以及如何配置Flask应用，使用WSGI服务器部署，容器化Flask应用并将其部署到各种云服务平台。通过这些步骤，你可以确保你的Flask应用在生产环境中的稳定性和可靠性。希望这些知识能够帮助你在实际项目中更好地实现测试和部署。

《python语言程序设计》2018版第6章第42题Turtle：绘制sin函数，使用程序清单6-14中的函数简化5.52代码

电饭叔

08-10

201

在output06th.py中的代码。

【深度学习】P1 深度学习数据结构

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08-07

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深度学习的数据结构——张量的概念与其基本操作

python识别车辆标志

weixin_45570158的博客

08-09

398

要使用Python来识别车辆标志，你通常会用到计算机视觉库，如OpenCV，结合深度学习框架如TensorFlow或PyTorch。这里我将提供一个基于OpenCV和TensorFlow（使用预训练模型，如MobileNetV2）的基本示例。

书生大模型实战营第三期——入门岛——python基础知识

qq_46576562的博客

08-06

293

abagen详细使用教程

09-28

"abagen"是一个用于分析人类大脑基因表达的Python工具包。它提供了一种方便的方式来检索和处理来自不同实验数据集的基因表达数据，并进行功能分析和可视化。下面是关于如何使用abagen的详细教程： 1. 安装与准备：首先，确保已经安装了Python和pip包管理器，并在命令行中使用pip安装abagen： ``` pip install abagen ``` 然后，准备一系列已下载的大脑图像数据（如Allen脑图像数据集）和相关基因表达数据（如GTEx或Allen人脑图像数据集）。 2. 数据处理与导入：在你的Python脚本中导入abagen模块，并使用`abagen.fetch_microarray()`函数来下载和处理大脑图像和基因表达数据，生成一个`MicroarrayDataset`对象。 3. 数据筛选与预处理：从`MicroarrayDataset`对象中，使用`aba.select()`函数根据不同的条件（如特定大脑区域或基因）选择感兴趣的数据。 4. 功能分析与可视化：使用`aba.enrichr()`函数进行基因功能注释和富集分析，根据不同的Gene Ontology（GO）项或其他数据库将基因分为不同的功能类别。使用`aba.plot_expression()`函数可视化基因的表达模式以及不同区域之间的差异。 5. 结果解释与分析：可以根据功能富集分析和可视化结果来解释和分析所选择的基因的生物学意义，并进一步深入研究在不同大脑区域中基因表达的差异或共同机制。总结起来，abagen是一个方便易用的工具包，可用于处理和分析人类大脑基因表达数据。通过它可以选择、预处理、功能分析和可视化基因表达数据，帮助我们更好地理解人脑的基因调控机制和功能分布。