fmriprep下载和使用

fMRIPrep是一个NiPreps（神经成像预处理工具）应用程序（www.nipreps.org），用于基于任务和静息状态的功能性 MRI（fMRI）的预处理。本文介绍的是fmriprep在centos上的运行。

在运行之前，如果你使用的是windows，下面是如何使用虚拟机运行fmriprep。当然也可以使用适用于Linux的Windows子系统（WSL）运行fmriprep。

1.在Windows上下载安装VMware Workstation 

下载地址：https://customerconnect.vmware.com/downloads/info/slug/desktop_end_user_computing/vmware_workstation_pro/16_0
 

点击vmware wokestation pro 16.2.4 for windows那一栏的go to downloads 去下载即可。

安装步骤详情：vmware16安装

2.下载和安装centos7 

点击：Centos下载镜像

下载完成后打开VMware workstation，点击文件创建新的虚拟机 

选择自定义，再点击下一步 

硬件兼容性选择workstation 16.2.x 再点击下一步。

选择稍后安装操作系统，点击下一步

 客服机操作系统选择Linux,版本选择centos 7 64位。点击下一步

修改虚拟机名称，也可不修改。然后选择放置的位置，建议不要放在c盘。点击下一步

选择处理器的个数及每个处理器的内核数量，处理器的总内核数不能超过主机的内核总数。主机的内核总数查看如下（以window10为例）：

右键点击此电脑——点击属性——关于——设备管理器——处理器

 

 分配给虚拟机的内存选择2GB（如果电脑允许的情况下尽量给大一点，因为后面内存不足可能会导致使用fmriprep预处理不成功），点击下一步

选择使用桥接网络，点击下一步

选择LSI Logic,点击下一步

选择SCSI，点击下一步

选择创建新的虚拟磁盘，点击下一步

最大磁盘我选择的是20G，建议选择200G（后期要处理数据，数据一般处理后都很大，20G肯定不够用，后面再扩容的话浪费时间，干脆一次性分配多点，分配多少根据你实际的情况来定）。设置好磁盘大小后，选择将虚拟磁盘拆分成为多个文件，点击下一步

点击下一步

点击自定义硬件

点击网络适配器，把复制物理网络连接转态勾上，

 再点击新的CD/DVD,选择使用ISO映像文件，点击浏览，选择你刚刚下载的centos镜像，选好后点击关闭。

点击完成

3.进入centos

点击开启虚拟机

 点击鼠标右键进入虚拟机操作，用键盘控制选项，调到install centos 7，点击回车键进入安装

语言选择中文--简体中文，点击继续

点击软件选择

进入后选择GNOME桌面，点击完成

点击安装位置

点我要分区，再点击完成 

点击加号，选择挂载点/boot，选择200M（一般200M就够了） ，点击添加挂载点。

 swap容量选择2G（一般8G，16G）

其余全部给/

 点击接受更改

点击KDUMP进入后，关闭kdump，再点击完成

 点击网络和主机名，修改主机名，点击应用，打开以太网，点击完成

 点击开始安装后，点击设置ROOT密码，设置后等待即可。

3.安装docker

先安装一些工具，右键打开终端输入 以下命令

3.1安装wget：

$ yum install -y wget

 3.2安装ifconfig

$ yum install -y net-tools

3.3安装vim

$ yum install -y vim-enhanced

3.4关闭防火墙

$ systemctl stop firewalld
$ systemctl disable firewalld
$ systemctl status firewalld

 3.5关闭selinux

$ vim /etc/selinux/config

将SELINUX=enforcing改为SELINUX=disabled

最后要重启一下

 3.6安装docker

在centos上安装docker，下面只演示一种安装方法（使用储存库安装），更多安装方法见官网centos上安装docker

3.6.1 安装yum-utils包（提供yum-config-manager 实用程序）并设置存储库。

$ sudo yum install -y yum-utils
$ sudo yum-config-manager --add-repo https://download.docker.com/linux/centos/docker-ce.repo

3.6.2安装 Docker 引擎

安装最新版本的 Docker Engine、containerd 和 Docker Compose 或转到下一步安装特定版本：

$ sudo yum install docker-ce docker-ce-cli containerd.io docker-compose-plugin

如果提示接受 GPG 密钥，请验证指纹是否匹配 060A 61C5 1B55 8A7F 742B 77AA C52F EB6B 621E 9F35，如果匹配，则接受。

此命令安装 Docker，但不会启动 Docker。它还会创建一个 docker组，但是默认情况下不会向该组添加任何用户。

3.6.3安装完成启动docker

$ sudo systemctl start docker

3.6.4校验是否安装成功

通过运行映像验证 Docker 引擎是否已正确安装hello-world 。

$ sudo docker run hello-world

4.安装fmriprep

在开始分析之前，还有个问题，就是fmriprep的workflow，输入的是BIDS格式。从西门子核磁机器导出来的原始数据是DICOM格式。按照python包可以进行转换：dcm2bids documentation

5.开始fmriprep

首先按照一个fmriprep-docker

python -m pip install fmriprep-docker

以下为fmriprep-docker使用示例：

fmriprep-docker /mnt/ABIDE_BIDS/NYU/ /mnt/DATA/output/NYU/ --participant-label sub-0050952 --fs-license-file /mnt/DATA/license.txt --use-aroma --output-spaces MNI152NLin6Asym:res-2 --cifti-output 91k

需要license.txt文件，去官网注册一个就好FreeSurfer Registration form (harvard.edu)

最后附上fmriprep的官网教程：Usage Notes — fmriprep version documentation