学习笔记Day4：函数与R包

函数与R包

函数

1. 形式参数与实际参数

   seq(from=3,to=21,by=3)

   函数：()前面的部分，例如seq()

   形式参数：from， to， by，作者设计，可省略

   实际参数: 3，21，3，使用者根据实际情况做改动

2. 写函数的函数

   function()

   函数名称：jimmy，a/b/m：形式参数，2：m这一参数的默认值；

   函数功能：（a+b）^m

   jimmy <- function(a,b,m=2){
       (a+b)^m
   }
   

   使用：逻辑是（1+2）^2

   jimmy(a=1,b=2)
   ## [1] 9
   

3. 写函数应用：

   例：画很多很多图

   plot(iris[,1],col = iris[,5])
   plot(iris[,2],col = iris[,5])
   plot(iris[,3],col = iris[,5])
   plot(iris[,4],col = iris[,5])
   ##简化成
   jinx <- function(i){
     plot(iris[,i],col=iris[,5])
   }
   jinx(1)
   jinx(2)
   jinx(3)
   jinx(4)
   

   • 一行代码重复3次以上，就可以包装成函数/使用循环。

R包

多个函数的打包存放，包含函数、数据、帮助文件、描述文件等

是一种按需使用的工具

R包来源

1. CRAN：install.packages(‘pkg’)

2. Bioconductor：BiocManager::install(‘pkg’)

3. Github：devtools::install_github("user/pkg")

• 可选参数（update = F, ask = F）

加载R包

检验R包成功安装的方法

library(pkg)

require(pkg)

设置镜像

保证R包下载速度

1. tools→global option→packages→change（只能设置CRAN）

2. 代码设置：

   options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
   options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
   

常见问题：

1. package not available：包名写错，安装命令错误，R语言版本与包要求不符（少见），包过时被剔除。
2. 加载A包，报错B包不存在：缺啥补啥，安装缺的B包后再装A包。
3. 依赖包的版本不够新：更新依赖包。
4. 网络问题。
5. not writable/permission denied：权限问题，使用管理员方式重新打开Rstudio。

本地安装R包（实在不行就试试这个！

从官方网站上下载R包到本地

install.packages(“libs/xxxx.tgz”,repo=NULL,type=”source”)
devtolls::install_local('xxx.tgz')

查看R包

sessionInfo()       ##包括所有版本信息
.libPath()          ##所有R包的安装路径
packageVersion("pkg_name")      ##查看R包版本

安装特定版本R包

library(devtools)
install_version("edgeR", version = "3.14.0",repos = "http://cran.us.r-project.org")          ##可以不写repos

卸载R包

remove.packages("pkg")

根据情况判断

if(!require('pkg'))install.packages('pkg')        ##使用require('pkg')判断,有则不装

R包使用

1. 查看帮助文档?+函数，如?Sd

2. 网上搜R包名字或函数名字

3. 在线教程：browseVignettes('limma')，只有部分R包有

4. 阅读报道该包的文献

• R语言中能拒绝则拒绝，有问题选no
• Linux中听话，有问题选yes

引用自生信技能树课程！比心小洁老师！