学习笔记Day5：文件读写

文件读写

认识CSV

CSV打开方式

1. 默认Excel打开
2. 记事本可以打开
3. sublime打开，同笔记本，但适用于大文件。
4. R语言读取：read.csv('names')读取后对文件的操作暂存在R中，并未产生真实文件的变化。、

认识分隔符

1. 逗号,
2. 空格
3. 制表符（TAB键可打出），在R语言中\t代表制表符。

文件后缀

1. CSV：Comma Separated Values
2. TSV：Tab Separated Values

• 不同后缀只起到提示作用，只是约定俗成，不起到严格规范作用。、

将表格文件读入R语言，成为数据框

1. read.csv() 通常用于读取CSV格式

2. read.table()通常用于读取txt格式

• 如果直接读取失败，需要指定一些参数。
• 失败有两种表现：报错和虽然成功但内容错误，要勤于检查！

test <- read.csv("ex3.csv")
#test 变量名；ex3.csv 文件名，代表将ex3.csv这个文件中的内容赋值给test

将数据框导出，成为表格文件

1. CSV格式：write.csv(test,file='example.csv')
2. TXT格式：write.table(test,file='example.txt')

• 提示：修改文件后导出时尽量修改名字，不要覆盖原文件。

  让代码可重复，数据可重现

R特有的数据保存格式：RData

Rdata无法用其他软件打开，可保存多个变量。

1. 保存：save(test,a,b,file="example.Rdata")
2. 读取：load('example.Rdata')，R文件中的变量有自己的名字，不需要为文件赋值

常见读取文件的参数

1. header=FAILSE：让文件的第一行设置为列名。
2. row.names=1：让文件的第一列设置为行名。
   • 行名不允许重复，如果报错可能是表格第一列有重复。
3. check.names=F：禁止读取时更改非法字符，如-等，直接读入不做更改。

几种读取函数的区别

善用帮助文档

判断那两个数据是否完全相同

identical(a,b):判断a和b是否完全相同，数据内容和数据结构。

一些用于导出/读取文件的R包

1. fread()函数：智能

   ex1 <- data.table::fread('ex1.txt',data.table = F)
   #读取后的文件默认为data.table格式，使用data.table = F来避免这一格式
   

2. import()函数

   library(rio)
   ex1 <- import('ex1.txt',)
   #逻辑：根据后缀读取文件，要求文件是符合后缀的标准格式
   ls3 <- import_list('ls.xlsx')
   #将一个excel格式的不同工作簿作为一个列表的不同元素
   export(iris,file='iris.csv')
   #根据指定后缀格式导出
   

引用自生信技能树课程！今天学到很多实用小工具！给小洁老师比心~