文件读写
认识CSV
CSV打开方式
- 默认Excel打开
- 记事本可以打开
- sublime打开,同笔记本,但适用于大文件。
- R语言读取:
read.csv('names')
读取后对文件的操作暂存在R中,并未产生真实文件的变化。、
认识分隔符
- 逗号
,
- 空格
- 制表符(
TAB
键可打出),在R语言中\t
代表制表符。
文件后缀
- CSV:Comma Separated Values
- TSV:Tab Separated Values
- 不同后缀只起到提示作用,只是约定俗成,不起到严格规范作用。、
将表格文件读入R语言,成为数据框
-
read.csv()
通常用于读取CSV格式 -
read.table()
通常用于读取txt格式
- 如果直接读取失败,需要指定一些参数。
- 失败有两种表现:报错和虽然成功但内容错误,要勤于检查!
test <- read.csv("ex3.csv")
#test 变量名;ex3.csv 文件名,代表将ex3.csv这个文件中的内容赋值给test
将数据框导出,成为表格文件
- CSV格式:
write.csv(test,file='example.csv')
- TXT格式:
write.table(test,file='example.txt')
-
提示:修改文件后导出时尽量修改名字,不要覆盖原文件。
让代码可重复,数据可重现
R特有的数据保存格式:RData
Rdata无法用其他软件打开,可保存多个变量。
- 保存:
save(test,a,b,file="example.Rdata")
- 读取:
load('example.Rdata')
,R文件中的变量有自己的名字,不需要为文件赋值
常见读取文件的参数
header=FAILSE
:让文件的第一行设置为列名。row.names=1
:让文件的第一列设置为行名。- 行名不允许重复,如果报错可能是表格第一列有重复。
check.names=F
:禁止读取时更改非法字符,如-
等,直接读入不做更改。
几种读取函数的区别
善用帮助文档
判断那两个数据是否完全相同
identical(a,b)
:判断a和b是否完全相同,数据内容和数据结构。
一些用于导出/读取文件的R包
-
fread()
函数:智能ex1 <- data.table::fread('ex1.txt',data.table = F) #读取后的文件默认为data.table格式,使用data.table = F来避免这一格式
-
import()
函数library(rio) ex1 <- import('ex1.txt',) #逻辑:根据后缀读取文件,要求文件是符合后缀的标准格式 ls3 <- import_list('ls.xlsx') #将一个excel格式的不同工作簿作为一个列表的不同元素 export(iris,file='iris.csv') #根据指定后缀格式导出
引用自
生信技能树
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