#python#生物信息学提取文本某列信息 #提取氨基酸序列并且提取氨基酸结构序列与之对应

最新推荐文章于 2024-08-10 15:50:10 发布

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分类专栏： bioinformatics Bio 文章标签： python 算法数据结构数据仓库

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_73542388/article/details/126917378

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本文介绍了如何使用Python从.dssp文件中提取氨基酸序列和结构序列。首先排除无关信息，保留红色区域，然后读取第14列和第17列内容。通过迭代处理字符串，替换空格并存储结果，最终将结果写入文件，保持目录整洁。

摘要由CSDN通过智能技术生成

我们有一下文本：dssp1a45.dssp

要求提取出文本中氨基酸序列的名称和结构，并是他们整行相互对应，其中结构序列中的空格用'_'代替。

输出格式为两行信息：GKITFYEDRGFQGRHYECSSDHSNLQPYFSRCNSIRVDSGCWMLYEQPNFQGPQYF...
_EEEEEEETTTEEEEEEE_S_BS__TTT_S__SEEEEEESEEEEESSGGG...

拿到文本文件.dssp(类似于.txt)

我们发现我们的目的信息在文本文件中的红色区域的蓝色框中，其余信息全部都是不需要的，我们要把其余区域清除掉，提取出这两列信息，并且对应输出，这便是思路！

第一步：
file = open('dssp1a45.dssp','r')            #以读取方式打开文件
str = ''.join(file.readlines()[28:])        # 删除检索内容以外的首部
file2 = open('new.txt','w')                 #将删除后的文件写入new.txt
file2.write(str)
f = open("new.txt",'r')