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已于 2022-09-15 12:33:11 修改

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分类专栏： bioinformatics 文章标签： java 服务器前端

于 2022-09-15 12:30:45 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_73542388/article/details/126868709

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本文详细介绍了序列比对的概念，重点讲解了Blast序列比对的过程，包括Nucleotide BLAST的使用方法，以及结果分析中的Description、GenBank、E-value和Alignments等关键部分。E-value作为匹配可靠性指标被深入解读。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

何为序列比对？

为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性，而将它们按照一定的规律排列。将两个或多个序列排列在一起，标明其相似之处。序列中可以插入间隔（通常用短横线“-”表示）。对应的相同或相似的符号（在核酸中是A, T（或U）, C, G，在蛋白质中是氨基酸残基的单字母表示）排列在同一列上。

这一方法常用于研究由共同祖先进化而来的序列，特别是如蛋白质序列或DNA序列等生物序列。在比对中，错配与突变相应，而空位与插入或缺失对应。序列比对还可用于语言进化或文本间相似性之类的研究。

基于生物学中序列决定结构，结构决定功能的普遍规律，将核酸序列和蛋白质一级结构上的序列都看成由基本字符组成的字符串，检测序列之间的相似性，发现生物序列中的功能、结构和进化的信息。

//以上来自百度百科

Blast序列比对

我们进入ncbi blast*页面

页面有如下四种选项

Nucleotide BLAST

核酸序列到核酸库中的一种查询，库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一的核酸序列比对。

而后我们将fasta格式的序列导入进去，选择好数据库（默认nr/nt），再设置好一系列参数以后进行blast比对。我们选择了高精度相似性对比结果。这里我们引用一段DNA序列（fasta格式）：“ACAAGATGCCATTGTCCCCCGGCCTCCTGCTGCTGCTGCTCTCCGGGGCCACGGCCACCGCTGCCTGGAGGGTGGCCCCACCGGCCGAGACAGCGAGCATATGCAGGAAGCGGCAGGAATAAGGAACTCCTGACTTTCCTCGCTTGGTGGTTTGAGTGGACCTCCCAGGCCAGTGGGAAGCAGCCTGAAAAGCTCGGGAGGTGGCCAGGCGGCAGGAAGGCGCACCCCCCCAGCAATCCGCGCGCCGGGACACTGCAGGAACTTCTTCTGGAAGACCTTCTCCTCCTGCAAATTTTAATTACAGAC”

通过BLAST，寻找与之同源的基因序列

Sequence

对于结果分析有以下四种呈现方式我们一一介绍

Descriptions

比对到的相似序列的基本信息

scientific name是这条相似序列所在的物种，而query cover是指我搜索的序列与这条序列的匹配程度（覆盖度）、E值是反应序列比对的可信度，E值越小，可信度越高。per.ident是序列比对的一致度。accession是这条相似序列在数据库的编号（登录号），NCBI上用这个编号搜索就能找到这条序列的注释信息。