Pymol教程--分子动力学(MD)模拟轨迹动画

最新推荐文章于 2023-11-13 21:36:56 发布
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分类专栏： DrugAi 文章标签： 人工智能
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Pymol教程–分子动力学(MD)模拟轨迹动画

来自 钰沐菡 https://www.bilibili.com/video/BV1yv411b7it?spm_id_from=333.999.0.0

定义动画帧数：mset 1x900
mview store, 1, state=1, object=output
mview store, 900, state=1811, object=output
平滑：intra_fit 4pkl
蛋白运动更平滑：smoth

分子动力学仿真软件：CP2K_（9）.轨迹分析与可视化
kkchenjj的博客
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在进行复杂的轨迹分析时，可能需要编写自定义的分析函数。# 加载轨迹文件# 选择氢键供体和受体# 定义距离阈值# 计算氢键数# 将结果保存到文件f.write(f'
Amber分子动力学模拟
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分子动力学基础理论；模型构建方法及技巧；能量优化、分子动力学模拟；结合自由能计算；分子动力学轨迹分析等；
Amber MD结果转PDB + ffmpeg安装 + pymol 模拟轨迹动画
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动力学结果可视化展示
mdanalysis, MDAnalysis是用于分析分子动力学轨迹的python 库.zip
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mdanalysis, MDAnalysis是用于分析分子动力学轨迹的python 库 MDAnalysis存储库自述文件 [*] 美国的 MDAnalysis是一个用于分析各种流行的模拟软件包的分子动力学轨迹，包括 DL_Poly 。CHARMM 。琥珀。NAMD 。LAMMPS和。 (
学术速运|MDBuilder：一个用于分子动力学模拟准备的PyMOL插件
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Pymol教程--用蛋白NMR结构简单模拟蛋白分子动力学
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PyMoL教程
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pymol-note 一、Snapshot（用不同颜色显示蛋白不同二级结构，用不同颜色显示不同小分子，显示连键） >load name.pdb,name #>fetch object #>disable object-name #>e...
Pymol入门教程--动画制作
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蛋白-蛋白复合物分子动力学模拟gromacs
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分子动力学与PyMOL一体化：无缝体验高级模拟技巧
首先介绍了分子动力学和PyMOL的基本概念，然后深入分析了分子动力学模拟的理论基础、实施步骤及PyMOL在这一过程中的关键作用。接着，本文提供了PyMOL高级可视化技巧，包括定制分子结构的可视化、脚
md-analysis-tools:使用 VMD 分析分子动力学轨迹的脚本
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md-分析工具 使用 VMD 分析分子动力学轨迹的脚本 描述 脚本将在给定 .gro 和 .xtc/.trr 文件的情况下运行分析。 （它期待 GROMACS 输出，但可以轻松调整其他类型的 MD 包输出）。 大多数分析目录（比如local-rmsd ）都有一个关联的 tcl 文件（比如local-rmsd.tcl ）=，它实际上是通过 vmd 传递的，这会产生大量难以理解的输入。 local-rmsd.py然后处理此输入并以人类（和“R”）可读格式将其吐出。 可以使用每个目录中的run-me.sh脚本对多个文件运行分析。 分析目录有时具有关联的.R文件，用于绘图和/或进行进一步分析。
分子动力学模拟Amber/Gromacs结合自由能计算 药效团模型构建RMSD、RMSF
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【Python分子动力学】
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计算分子动力学模拟轨迹contact-map概率，并绘制热图
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1.将矩阵文件处理成一个文件2.将多个矩阵读入到一个列表sunmata中，且列表的每一个值为矩阵每一行3.把sumdata列表中的元素以0/1写入squ列表中4.把suq列表中元素按一个矩阵为单位写入v列表5.列表转化成矩阵，并求矩阵元素概率6.画热图 ...
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方法一固然可以制作动画,但不方便调整，只适用于制作短小简单的动画。当制作复杂动画时（呈现多个视角）如果想调整存储的不同视角呈现顺序则十分不便。下面介绍的第二种方法可以很好地应对这点不足。可以看到下方出现了时间帧数进度条（3秒共90帧）。如果后续想延长动画时长，可以重复上述操作。如果想删除掉某个时间节点处的视角，可以右键选择。拖动时间进度条，在合适的位置分配“视角”。输出的图片导入Pr制作动画。
gromacs ngmx_Gromacs教程II(MD结果分析)-
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Gromacs教程II(MD结果分析)-全球中文课程(二):结果分析海怀素衣9MD结果分析模拟完成后，可对数据进行分析分析包括三个阶段首先，有必要检查模拟的质量。如果检查结果表明模拟是好的，那么模拟可以用来回答所研究的问题。最后，可以组合不同的模拟结果注意:文件名应该反映文件的内容，它根据您的模拟系统而变化。让我们假设使用默认文件名，然后将生成以下文件:？？？？？？topol.tpr:模拟开始时包...
第一性原理分子动力学(AIMD)结果分析教程
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