医学图像配准软件Simple Elastix安装全过程(Windows)(超详细~)

一个Simple Elastix软件的安装，搞了几个月毫无进展(当然也有划水的因素)，网上资料也非常少，这两天突然灵光闪现，终于配了出来，现在把安装过程中遇到的全部问题分享给大家~

工具准备：Git + cmake3.10 + visual studio2015 + python3.8

步骤一：用Git Bash克隆远程Simple Elastix源码到本地，也许直接下载zip包也可以，但我没试过，据别的博主说会有问题。

步骤二：cmake编译，看准了选择的是32位程序还是64位程序，我选择的就是64位，生成的时候把python点上，其他都不用点。

步骤三：打开vs2015，用Realse去生成All_Build项目，然后就会发现一大堆项目报了错误，都是MBS600：cmd.exe已退出，代码为1。（我的是这个样子的）这个时候不要慌，我们逐个项目去生成，就能看到它们详细的错误了。

步骤四：逐个编译，发现如下问题。

问题一：按照项目顺序，首先生成了Elastix，这时候它提示找不到ITK的路径，我就想着是不是应该先生成ITK，所以就先跳过这里。


问题二：生成ITK，提示"error: RPC failed; curl 56 OpenSSL SSL_read: SSL_ERROR_SYSCALL, errno 10054"。这个是git一个经典的错误了，百度一下就是git传输字节有限制。

解决：打开Git Bash，执行“git config --global http.postBuffer 524288000”，虽然有人反映这个不能解决，但我就是用这个解决的…接下来顺利编译ITK，Elastix也顺利编译了。


编译Lua和ZERO_CHECK没有问题。

问题三：编译Simple ITK，提示与virtualenv有关，这个是构建python虚拟环境的一个项目，那就先去编译virtualenv。

问题四：编译virtualenv的时候，它会git fetch一个远程的库，但它报错说无法识别主机名字"host name"，接着说没有在(项目路径)\ExternalData.ExternalSource下找到“virtualenv-15.1.0.tar.gz”，Swig项目也会有同样的问题。
有意思的来了，当我打开这个文件夹，发现了“lua-5.1.5.tar.gz”。

我于是从网上手动下了“virtualenv-15.1.0.tar.gz”和“swigwin-3.0.12.zip”，放到这个文件夹中，结果报错说MD5码不匹配。

接下来我发现在SuperBuild文件夹下也有一个".ExternalSource"文件夹，打开以后发现了MD5文件。

我就想着能不能自己把md5文件给解码了，发现是自己想多了。

解决：比较玄学的一个解决方法，我用cmake编译出一个32位的Simple Elastix，然后生成 virtualenv 和 Swig，它们居然成功了，我把那两个压缩包放到了64位的Simple Elastix中，解决~~

问题五：继续编译Simple ITK，报了200多个错误，都与一个simplepythonmap(?大概叫这个)文件有关，报了LNK的错误，就不是MBS，这个就把问题复制到github上那个项目的Issues中一搜，是Python和SimpleElastix版本不匹配的问题，我是32位的python当然是不行的，把32位的python换成了64位的python，SimpleITK生成成功。


步骤五：SimpleITK-xxx应该都是与SimpleITK相关的项目，没有去单独生成，再次生成ALL_BUILD，全部生成成功~
值得一提的是，它在生成Lua virtualenv Swig的时候还是git fetch了远程库，而且没有报无法识别主机名的错误，明明压缩包已经在本地了…

步骤六：(项目)\SimpleITK-build\Wrapping\Python\Packaging路径下的setup.py文件，在cmd执行"python setup.py install"。

问题六：提示没有在这个路径下找到“_SimpleITK.pyd”文件，然后发现它在(项目)\SimpleITK-build\Wrapping\Python路径下，复制到Packaging即可。

大功告成

可以执行SimpleElastix开发文档中的“Hello World”啦~


总结：一开始接触Simple Elastix是去年年底了，现在才安装成功。首先是没有掌握检查项目问题的方法——逐个生成，也是在学习了git分布式管理系统的相关知识之后，对git管理的项目有了更深的认识，加上善用github上的Issues，其实也就只解决了几个小问题嘛~