POJ 1080 Human Gene Functions(LCS变形)

POJ 1080 Human Gene Functions

题目大意

求两基因的相似度，可以在每个基因对中加入若干空格，每个字母与其他字母或自身和空格对应都有一个打分，则相似度就是最大的得分和

分析

LCS变形，我采用的是递归的写法
dp[i][j]表示第一串前i个字符，第二串前j个字符匹配所能得到的最大分数和。状态和状态的转移都类似于最长公共子序列问题（LCS）只是字符和字符匹配的分数不是固定的1而是以一个表的形式给出，处理起来比LCS稍微麻烦了一点。

代码

#include<cstdio>
#include<iostream>
#include<cmath>
#include<cstdlib>
#include<cstring>
using namespace std;
const int INF=999999;
int n1,n2;
char s1[105],s2[105];//下标从1开始
int dp[105][105];//dp[i][j]表示s1中以s1[i]字符结尾的字串于s2中s2[j]结尾的字串匹配得到的最大分数
int score[5][5]={
5,-1,-2,-1,-3,
-1,5,-3,-2,-4,
-2,-3,5,-2,-2,
-1,-2,-2,5,-1,
-3,-4,-2,-1,0
};
int GetNum(char c)
{
      if(c=='A')return 0;
      else if(c=='C')return 1;
      else if(c=='G')return 2;
      else if(c=='T')return 3;
      else return 4;
}
void Init()
{
      for(int i=0;i<=100;i++)
            for(int j=0;j<=100;j++)
                  dp[i][j]=-INF;
}
int  Dp(int i,int j)
{
     if(dp[i][j]!=-INF)return dp[i][j];
     int ans=0;
     if(i==0)//边界条件
     {
           for(int k=1;k<=j;k++)
              ans+=score[GetNum(s2[k])][4];
           return dp[i][j]=ans;
     }
     else if(j==0)
     {
           for(int k=1;k<=i;k++)
                 ans+=score[GetNum(s1[k])][4];
            return dp[i][j]=ans;
     }
     ans=Dp(i-1,j-1)+score[GetNum(s1[i])][GetNum(s2[j])];
     ans=max(ans,Dp(i-1,j)+score[GetNum(s1[i])][4]);
     ans=max(ans,Dp(i,j-1)+score[GetNum(s2[j])][4]);
     return dp[i][j]=ans;
}
int main()
{
    int T;
    scanf("%d",&T);
    while(T--)
    {
         Init();
         scanf("%d%s",&n1,s1);
         scanf("%d%s",&n2,s2);
         for(int i=n1-1;i>=0;i--)s1[i+1]=s1[i];
         for(int i=n2-1;i>=0;i--)s2[i+1]=s2[i];
         cout<<Dp(n1,n2)<<endl;
    }
}