题目大意
求两基因的相似度,可以在每个基因对中加入若干空格,每个字母与其他字母或自身和空格对应都有一个打分,则相似度就是最大的得分和
分析
LCS变形,我采用的是递归的写法
dp[i][j]表示第一串前i个字符,第二串前j个字符匹配所能得到的最大分数和。状态和状态的转移都类似于最长公共子序列问题(LCS)只是字符和字符匹配的分数不是固定的1而是以一个表的形式给出,处理起来比LCS稍微麻烦了一点。
代码
#include<cstdio>
#include<iostream>
#include<cmath>
#include<cstdlib>
#include<cstring>
using namespace std;
const int INF=999999;
int n1,n2;
char s1[105],s2[105];//下标从1开始
int dp[105][105];//dp[i][j]表示s1中以s1[i]字符结尾的字串于s2中s2[j]结尾的字串匹配得到的最大分数
int score[5][5]={
5,-1,-2,-1,-3,
-1,5,-3,-2,-4,
-2,-3,5,-2,-2,
-1,-2,-2,5,-1,
-3,-4,-2,-1,0
};
int GetNum(char c)
{
if(c=='A')return 0;
else if(c=='C')return 1;
else if(c=='G')return 2;
else if(c=='T')return 3;
else return 4;
}
void Init()
{
for(int i=0;i<=100;i++)
for(int j=0;j<=100;j++)
dp[i][j]=-INF;
}
int Dp(int i,int j)
{
if(dp[i][j]!=-INF)return dp[i][j];
int ans=0;
if(i==0)//边界条件
{
for(int k=1;k<=j;k++)
ans+=score[GetNum(s2[k])][4];
return dp[i][j]=ans;
}
else if(j==0)
{
for(int k=1;k<=i;k++)
ans+=score[GetNum(s1[k])][4];
return dp[i][j]=ans;
}
ans=Dp(i-1,j-1)+score[GetNum(s1[i])][GetNum(s2[j])];
ans=max(ans,Dp(i-1,j)+score[GetNum(s1[i])][4]);
ans=max(ans,Dp(i,j-1)+score[GetNum(s2[j])][4]);
return dp[i][j]=ans;
}
int main()
{
int T;
scanf("%d",&T);
while(T--)
{
Init();
scanf("%d%s",&n1,s1);
scanf("%d%s",&n2,s2);
for(int i=n1-1;i>=0;i--)s1[i+1]=s1[i];
for(int i=n2-1;i>=0;i--)s2[i+1]=s2[i];
cout<<Dp(n1,n2)<<endl;
}
}