【LAMMPS学习】八、基础知识(4.1)CHARMM、AMBER、COMPASS 和 DREIDING 力场

8. 基础知识

此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。

8.1.通用基础知识

8.2. 设置入门

8.3. 分析入门

8.4. 力场入门

8.4.1. CHARMM、AMBER、COMPASS 和 DREIDING 力场

力场由两部分组成：定义力场的公式和用于特定系统的系数。这里我们只讨论 LAMMPS 中实现的公式，这些公式对应于 CHARMM、AMBER、COMPASS 和 DREIDING 力场中常用的公式。设置系数可以通过 read_data  命令从输入数据文件中的特殊部分完成，也可以在输入脚本中使用 pair_coeff 和 bond_coeff 等命令完成。请参阅 Tools 文档页面，了解其他工具，这些工具可以使用 CHARMM、AMBER 或 Materials Studio 生成的文件来分配力场系数并将其输出转换为 LAMMPS 输入。

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有关 CHARMM 力场的描述，请参阅(MacKerell)。有关 AMBER 力场的描述，请参阅(Cornell) 。有关 COMPASS 力场的描述，请参阅 (Sun) 。

下面列出的交互样式计算力场公式与 CHARMM 或 AMBER 中的常见选项一致。请参阅每个命令的文档以了解其计算公式。

• bond_style harmonic

• angle_style charmm

• dihedral_style charmmfsh

• dihedral_style charmm

• pair_style lj/charmmfsw/coul/charmmfsh

• pair_style lj/charmmfsw/coul/long

• pair_style lj/charmm/coul/charmm

• pair_style lj/charmm/coul/charmm/implicit

• pair_style lj/charmm/coul/long

• special_bonds charmm

• special_bonds amber

注：对于 CHARMM，较新的 charmmfsw 或 charmmfsh 样式于 2017 年 3 月发布。我们建议使用它们来代替旧的 charmm 样式。请参阅 pair charmm 和 dihedral charmm文档页面上的差异讨论。

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COMPASS 是一个通用力场，用于常见有机分子、无机小分子和聚合物的原子模拟，它是使用从头计算和经验参数化技术开发的。请参阅 msi2lmp 工具的Tools页面，该工具用于从 BIOVIA 的 Materials Studio 文件创建 LAMMPS 模板输入和数据文件。请注意，msi2lmp 工具非常旧，并且基本上没有维护，因此它不支持 Materials Studio 提供的力场文件的所有功能，尤其是过去十年中添加的功能。您应该仔细观察输出并尽可能比较结果。有关 COMPASS 力场的描述，请参见  (Sun) 。

下面列出的这些交互样式计算与 COMPASS 力场一致的力场公式。请参阅每个命令的文档以了解其计算公式。

• bond_style class2

• angle_style class2

• dihedral_style class2

• improper_style class2

• pair_style lj/class2

• pair_style lj/class2/coul/cut

• pair_style lj/class2/coul/long

• special_bonds lj/coul 0 0 1

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DREIDING 是由加州理工学院Goddard group开发的通用力场，可用于预测有机、生物和主族无机分子的结构和动力学。 DREIDING 的理念是使用基于简单杂化考虑的一般力常数和几何参数，而不是依赖于键、角度或扭转项中涉及的原子的特定组合的单个力常数和几何参数。 DREIDING 有一个明确的氢键术语（explicit hydrogen bond term ）来描述涉及氢原子与电负性极强的原子（N、O、F）上的相互作用。

有关 DREIDING 力场的描述，请参阅 (Mayo) 

下面列出的交互样式计算与 DREIDING 力场一致的力场公式。请参阅每个命令的文档以了解其计算公式。

• bond_style harmonic

• bond_style morse

• angle_style cosine/squared

• angle_style harmonic

• angle_style cosine

• angle_style cosine/periodic

• dihedral_style charmm

• improper_style umbrella

• pair_style buck

• pair_style buck/coul/cut

• pair_style buck/coul/long

• pair_style lj/cut

• pair_style lj/cut/coul/cut

• pair_style lj/cut/coul/long

• pair_style hbond/dreiding/lj

• pair_style hbond/dreiding/morse

• special_bonds dreiding

Ref：

(MacKerell) MacKerell, Bashford, Bellott, Dunbrack, Evanseck, Field, Fischer, Gao, Guo, Ha, et al, J Phys Chem, 102, 3586 (1998).

(Cornell) Cornell, Cieplak, Bayly, Gould, Merz, Ferguson, Spellmeyer, Fox, Caldwell, Kollman, JACS 117, 5179-5197 (1995).

(Sun) Sun, J. Phys. Chem. B, 102, 7338-7364 (1998).

(Mayo) Mayo, Olfason, Goddard III, J Phys Chem, 94, 8897-8909 (1990).